大豆含有胰蛋白酶抑制劑和較多的植酸，影響營養物質的吸收和利用。大豆在萌發過程中，胰蛋白酶抑制劑大部分被破壞，同時大豆中含有的蛋白質被分解為可溶性肽和氨基酸，不僅增加了豆芽的鮮度，而且豆芽中蛋白質的利用率比大豆至少提高了10%。大豆發芽後，其中的植酸也會減少，從而提高礦物質鈣和鋅的吸收率。
黃豆芽中還含有壹種幹擾素誘導劑，可以誘導幹擾素，幹擾素可以幹擾病毒代謝。春天人們更容易患病毒性感冒等雜病，所以春天吃黃豆芽也能增強人們抵抗病毒感染的能力。
現在市場上的豆芽通常是由供應商用尿素和激素生產的。這種快速生長的豆芽含有對人體有毒的化學物質。毒豆芽的“芽”又長又白，帶根。如果要買，最好選擇無根。發芽黃豆芽並不難。最好是在家裏自發進行。家裏發豆芽，註意“火候”。因為黃豆芽不是“芽”，所以越長越好，營養成分最高、味道最鮮的豆芽是芽長兩厘米的豆芽。另外需要註意的是，煮豆芽的時候，不要加堿，這樣會對維生素B2造成很大的破壞，加醋有助於保存營養成分。
最近的研究結果表明，大豆雖然蛋白質含量高，但由於胰蛋白酶抑制劑的存在，其營養價值有限，所以人們提倡食用豆制品。在大豆發芽過程中，這些物質大部分被降解和破壞。黃豆芽的蛋白質利用率比大豆高10%左右。另外，棉籽糖、鼠李糖、水蘇糖等不能被人體吸收、容易引起腹脹的低聚糖在發芽時急劇下降甚至完全消失，避免了食用大豆後腹脹的發生。大豆發芽過程中，由於酶的作用，釋放出更多的鈣、磷、鐵、鋅等礦質元素，提高了大豆中礦物質的利用率。大豆發芽後，除維生素C外，胡蘿蔔素可增加1-2倍，維生素B2增加2-4倍，煙酸增加2倍以上，葉酸增加數倍。豆芽後第二天天冬氨酸急劇增加，所以吃豆芽可以減少體內乳酸的堆積，消除疲勞。豆芽中還含有壹種叫硝基磷酸酶的物質，可以有效抗癲癇，減少癲癇發作。近年來發現，豆芽中含有壹種幹擾素誘導劑，能誘導幹擾素，增加體內抗病毒和抗癌能力。
黃豆芽和大豆壹樣，也有利尿排毒的功效。如果妳口幹舌燥，咽喉腫痛，幹咳有黃痰，兩肋刺痛，小便短赤，大便不暢，體熱，不妨買500-1000克黃豆芽，加1個陳年陳皮，用大量清水，武火煎服4-5小時，可清肺除黃痰。