小恩和奶奶在花園裏采摘西紅柿，小恩跪在地上，手裏捧著西紅柿遞給奶奶。她對待果實是那樣虔誠：陽光把溫暖帶給土地，土地把果實奉獻給人類。金黃色的向日葵、金黃色的葉子、五顏六色的花、橘紅的西紅柿、奔跑撒歡的小狗、在田野間穿梭的汽車構成了小恩溫馨美好的田園生活。
小恩家的生活遇到了困難，爸爸媽媽都失去了工作，家裏沒有了經濟來源，她只知道自己要獨自離開家，投奔從未見過的舅舅。小恩很懂事，願意用自己稚嫩的肩膀來幫助舅舅分擔工作。
小恩坐上了去舅舅家的火車。火車搖搖晃晃，女兒在媽媽的歌謠中睡著了，戀人相互依偎著睡著了，小恩箱子中裝著花種子的信封搖搖晃晃的掉下來了，百日菊種子、大波斯菊種子、金盞花種子……小恩睡著了，夢見了自己的小花園。不管小恩去哪裏，她都會把花種子帶到哪裏，她帶著滿滿的希望上路了。
吉姆舅舅在城裏有壹個小小的面包店，是壹個光禿禿的沒有顏色的小樓。可是這光禿禿的小樓在小恩的眼睛裏，是壹個大大的花園，她好像已經看到了花臺子上開滿了紅的黃的紫的花朵。
舅舅總是眉頭緊皺的樣子，好像不會笑，接小恩回家的時候沒有笑，念小恩寫的長詩時沒有笑，做蛋糕裱花的時候沒有笑，在店裏忙碌時還是不笑。小恩想看到舅舅笑。
小恩每天上學、學做面包、幫舅舅做事，剩下的時間全交給了她的花。漸漸的，面包間裏有了花，面包店裏有了花，連面包店的櫥窗前、大門上、整個小樓的所有花臺子上，都開滿了美麗的花。店裏的顧客越來越多，是這些鮮花讓人們頻頻駐足欣賞，鮮花給大家帶來了美麗的色彩、迷人的芬芳，每壹個光顧蛋糕店的人都面帶微笑，被這芳香馥郁的鮮花吸引。漸漸地，層層疊疊的鮮花讓這座小樓變得光彩照人。連走在街上的流浪漢手裏也拿著壹束鮮花，他聞著花香，嘴角露出了幸福的微笑，至少，在那壹刻，他是滿足的、幸福的。賣菜的小販也把菜攤擺在蛋糕店旁邊，他的臉上也掛著微笑，每壹個路人都無法忽視眼前的美麗。
小恩發現了閑置的頂樓，想把它秘密建造成壹個小花園送給舅舅，那個時候，舅舅壹定會笑了吧？頂樓花園準備好的那天，小恩用鮮花擺出歡迎舅舅的小路，我們仿佛能夠隨著指示牌和舅舅壹起登上頂樓的小花園。啊！這真是最美的花園！妳完全想象不出這是小恩先前發現的那個堆滿廢品的樓頂。連平日裏吃的生菜，擺在這裏都是這樣適宜和好看。舅舅驚呆了，可是還是沒有笑。而他送給小恩的是壹個滿是花的大蛋糕，漂亮極了！小恩覺得這比壹千個笑容還要棒！舅舅還帶來了，好消息，爸爸找到了工作，小恩可以回家了！
小恩可以回家了，舅舅抱著小恩，依依不舍，與前面剛來時，舅舅站在小恩身邊沒有任何交流的情景形成鮮明對比。舅舅還把那只小黑貓送給了小恩。小恩把鮮花種進了舅舅的心裏。有這些鮮花的陪伴，舅舅壹定會每天都有笑容。
整個故事的行進，都是由小恩的壹封封短小的信件構成，給舅舅的，給爸爸媽媽奶奶的，小恩的語言是片段式的、散亂的，但我們還是從這些只字片語中看到了小恩的樂觀和對生活的熱愛。艾瑪嘴角的笑容，小貓歐提爬在桌上觀察花葉子上的小蚱蜢，店裏越來越多的客人，送信的郵遞員都願意在面包店門口多停留壹會兒， 路過的太太們無不被這些美麗的花吸引，連貧窮的流浪漢都因為得到的壹枝小花的香而微笑……這些不都是因為小恩和她的花園麽？而這壹切，小恩卻並不自知。她只是喜歡種花，只是想要送給舅舅壹個秘密花園。而最後，這個秘密花園不僅送給了舅舅，實際上還送給了那時那地的所有的人，隨著這些小恩的花的生長，生活開始有了欣欣向榮的跡象。
最後，小恩回到了家鄉，和奶奶壹起繼續種花。她們挎著裝滿花種子的籃子，走向藍天的盡頭，把更多的花種子播撒進芬芳的泥土，帶給身邊的人更多的美好、更多的希望……
願每個人心中都有壹個秘密花園！