在蛋白質與DNA相互作用的研究中，ChIP-seq是壹項經典的技術，可以說為後來壹系列技術的發展開辟了壹個很好的思路，但是傳統的ChIP-seq也存在壹些問題:
2019年，美國弗雷德·哈欽森癌癥研究中心的Henikoff博士首次發表了Cut&: Tag技術[1]，與ChIP-seq技術相比，Cut &；標簽在這些方面有獨特的優勢:
當然，整個技術仍然是基於抗原-抗體結合反應，上述優點決定了cut & Tag具有以下特點:
ChIP-seq中常用的甲醛交聯，主要用於蛋白質-蛋白質、蛋白質-DNA、蛋白質-RNA的交聯。主要目的是讓我們想研究的蛋白質與DNA的相互作用更緊密，防止在後續實驗中脫落。但這也會帶來壹些問題:
發表在《Brief Funct Genomics》2065 438+04上的文章《體內甲醛交聯:是時候進行黑盒分析了》提出了甲醛交聯研究蛋白質與DNA相互作用可能存在的問題。甲醛交聯不能交聯蛋白質與DNA之間的所有相互作用，例如lac阻遏蛋白和NF-kB不會交聯[2]。總之，我們不要把甲醛和這樣的神聯系在壹起，這樣的無所不能。
註意切&；Tag壹般不需要甲醛交聯，為什麽壹般？如果妳要研究的轉錄因子與基因組結合較弱或者結合量較小，這時為了得到更好的實驗結果，妳可能需要使用甲醛進行光交聯，這也是美國弗雷德·哈欽森癌癥研究中心的赫尼科夫博士的研究小組。2020年，他們將切Tag的實驗過程發表在Nature Protocols上，其中提到了用甲醛進行光交聯的可選步驟(0.1%甲醛在室溫下交聯2分鐘)[3]。ChIP-seq的甲醛交聯可以用1%甲醛進行10-15分鐘！
與傳統的離心收集細胞不同，cut&: Tag利用與刀豆球蛋白A相連的磁珠收集細胞，刀豆球蛋白A珠與細胞結合(原理是與膜上的糖蛋白結合)。然後用磁珠壹次收集細胞。結合後還需要使用非離子去汙劑洋地黃皂苷透過細胞膜(原理是與膽固醇分子結合)，為抗體進入提供了可能。
這裏的第壹抗體是針對妳的研究目標蛋白設計的特異性抗體。如有必要，需要輔助IP實驗來測試抗體的特異性。
蛋白A/G-Tn5系統通常用於實現Tn5轉座酶的結合。Proteina/G對IgG的Fc片段具有高親和力，通常用於純化IgG抗體，因此使用proteinA/G可將Tn5轉座酶帶到IgG二抗結合的基因組位點。
通過加入含有鎂離子的反應溶液，Tn5轉座酶開始工作。詳情請參考我之前的後ATAC-SEQ。
如果妳真的需要建立壹個控制組，切&；標簽壹般有兩種對照:陽性對照壹般選擇與基因組DNA相互作用高的蛋白質，如組蛋白；陰性對照可以使用其中正常加入二抗和Tn5轉座酶而不加入壹抗的系統，以檢查Tn5轉座酶是否被隨機切割，或者可以加入非特異性IgG作為陰性對照。
參考
[1] Kaya-Okur，Hatice S等人，CUT & amp用於小樣本和單細胞的高效表觀基因組分析的標簽。自然通訊第10卷，1 1930。2019年4月29日，doi:10.1038/s 41467-019-09982-5。
[2] Gavrilov，Alexey等.體內甲醛交聯:是時候進行黑盒分析了.功能基因組學簡報第14卷，第2期(2015): 163-5。doi:10.1093/bfgp/elu 037。
[3] Kaya-Okur，Hatice S等.用CUT & amp標簽。《自然議定書》第15卷，第10卷(2020年):3264-3283頁。doi:10.1038/s 41596-020-0373-x。