表面和內部同時進行。
常規的熱殺菌是從材料表面開始，然後通過熱傳導向內部擴散。內外有溫差。為了保持食品的風味，縮短加工時間，食品內部的溫度往往達不到足夠的程度，影響殺菌效果。由於微波的穿透作用，食物的表面和內部同時受到影響，所以消毒殺菌均勻徹底。
易於控制
微波食品殺菌處理，設備可即時使用，沒有常規熱殺菌的熱慣性，操作靈活方便，微波功率可從零到額定功率連續調節，傳輸速度可從零連續調節，便於控制。
設備簡單，技術先進。
與常規消毒滅菌相比，微波滅菌設備不需要鍋爐、復雜的管道系統、煤場、運輸車輛，只要具備水、電等基本條件即可。
改善工作條件，節省占地面積。
設備工作環境溫度低，噪音小，大大改善了工作條件。整個微波設備只需要2-3名操作人員。廣泛用於牛肉幹、豬胸脯肉、魚片、醬肉、鴨肉、雞肉等產品的加熱、幹燥和殺菌。微波殺菌後，肉制品的鮮度、嫩度和風味保持不變，衛生指標完全可以低於國家食品衛生標準。貨架存放時間可達1-2個月。肉制品微波殺菌保鮮技術的成功應用，使保鮮期從3天延長到1-2個月，把技術成果提高到了壹個新的階段。
微波加熱的問題:
(A)微波加熱不均勻
1.微波加熱不均勻的原因:
(1)微波加熱具有選擇性。即使在同壹個微波場中，不同的食材也有不同的溫升。
(2)微波具有良好的穿透性，在實際加熱中受到反射、穿透、折射和吸收的影響，即使同壹種食材不同部位產生的熱能可能有很大差異；
(3)電場的急劇集中，有些也叫邊緣效應。微波作為壹種電波，具有尖銳的電場集中性，這是微波加熱食物不均勻的主要原因。電場會集中在角落，這些部位會產生更多的熱量，升溫很快。為了克服菱角效應和熱點的缺點，人們對容器進行了許多改進。比如盡量使用大小合適的圓形容器和環形容器。尖角食品的整形處理。為了克服微波加熱的局限性，將微波和遠紅外加熱方法結合起來是壹種新的趨勢。
(二)微波對人體的影響
根據微波的原理，人體也會吸收微波，所以微波輻射也會對人體造成壹些傷害。通常人體受到輻射時，皮膚總是先感到發熱，所以可以及時避免。但是當受到微波輻射時，由於其穿透性，體內的組織也會同時升溫，而人體內的神經又比較少，所以那些耐熱性低的器官在感覺到熱之前就已經受到了損傷。比如血管、眼睛、睪丸容易受到微波的傷害，雷達工作人員的常見病有白內障、男性不育等。使用微波時要註意安全，但不需要像治療放射性時那樣過於緊張。
(3)微波殺菌和破袋
微波滅菌過程中，除了註意不要使用金屬容器和鍍鋁或包鋁袋外，還有滅菌時密封袋破裂的問題，很難解決。滅菌後密封也不好。目前微波殺菌可以在包裝前進行，也可以在包裝後進行。對包裝食品進行微波加熱殺菌時，由於袋內壓力過高，包裝袋會爆裂，所以微波加熱殺菌的全過程都要在壓力下進行，或者在加壓玻璃容器中處理包裝(4)變色問題。