1.壹般治療壹般來說，治療中最重要的是建立穩固的醫患治療關系。醫生要通過詳細的病史和全面細致的體檢，取得患者的信任。初步檢查後，應與患者討論鑒別診斷，包括功能性消化不良的可能性。應向患者推薦合理的診斷和檢查程序，並向他們解釋他們的擔憂。診斷性檢查後，應告知患者功能性消化不良的診斷，同時對其進行教育，打消疑慮，遏制“過度檢查”的趨勢，將重心從尋找癥狀原因轉移到幫助患者克服這些癥狀上來。
醫生要探討患者的生活壓力，包括與家庭、學校、人際關系、生活環境有關的事情。改變其生活環境是不可能的，應指導患者采取措施減輕壓力，如體育鍛煉、良好的飲食和睡眠習慣等。
妳還應該了解病人最近在飲食或藥物方面的變化。仔細了解可能加重患者癥狀的食物和藥物，停止使用。
2.功能性消化不良的藥物治療，藥物治療的效果並不令人滿意。到目前為止，還沒有特效藥可以完全緩解癥狀。而且癥狀的改善也可能與自然病程中癥狀的嚴重程度有關，或者與安慰劑的作用有關。所以治療的重點應該是改變生活習慣，采取積極的策略去克服，而不是壹味的依賴藥物。癥狀加重時，藥物治療可能有幫助，但要盡量減少劑量，有明確益處時才能長期使用。
以下是壹些治療功能性消化不良的常用藥物:
(1)抗酸劑和抗分泌藥物:
①抗酸劑:在用於治療消化不良的藥物中，抗酸劑的應用最為廣泛。在西方國家，它是壹種非處方藥，壹些患者服用抗酸劑後癥狀緩解，但也有報道稱，抗酸劑在治療功能性消化不良方面與安慰劑相似。
我國常用的抗酸劑(碳酸氫鈉、氫氧化鋁、氧化鎂、三矽酸鎂)有:Rone、復方氫氧化鋁(維舒平)、維他洛片(樂特威)、碳酸鋁鎂(維達喜)、復方鋁酸鉍。這些藥物對緩解饑餓感疼痛、胃酸反流、燒心等癥狀有明顯效果。但該藥作用時間短，需要多次服用，長期服用容易引起不良反應。
②抗分泌藥物:抗分泌藥物主要指H2受體拮抗劑和質子泵抑制劑。
用H2受體拮抗劑治療功能性消化不良的報道很多，藥物療效在統計學上明顯優於安慰劑。西咪替丁20 ~ 30mg/(kg·d)，分兩次口服。雷尼替丁5 ~ 7mg/(kg·d)，分兩次口服；法莫替丁0.6 ~ 1mg/(kg·d)，分兩次口服等。
質子泵抑制劑奧美拉唑，0.6 ~ 0.8mg/(kg·d)，1次/d口服，可抑制壁細胞H+-K+-ATP酶，對酸分泌有較強的長時間抑制作用，適用於H2受體拮抗劑治療無效的患者。
(2)促動力藥:根據對照組的臨床驗證，已證實胃復安(甲氧氯普胺)、多潘立酮(莫迪格林)、西沙必利對消除功能性消化不良癥狀有效。多潘立酮廣泛用於兒科。
①胃復安(甲氧氯普胺):可對抗中樞和外周多巴胺，同時興奮5-HT4受體，促進內源性乙酰膽堿釋放，增加胃竇和十二指腸的協調運動，促進胃排空。兒童劑量為每次0.2mg/kg，連用3 ~ 4天，15 ~ 20min飯前服用。因為不良反應多，臨床應用逐漸減少。
②多潘立酮(Modigline):壹種外周多巴胺受體拮抗劑，可促進固體和液體胃排空，抑制胃調節舒張，協調胃竇-十二指腸運動，松弛幽門，從而緩解消化不良癥狀。兒童劑量為每次0.3mg/kg，連用3 ~ 4天，飯前15 ~ 30 min。1歲以下兒童不宜服用，因為血腦屏障功能尚未發育完全。
③西沙必利:通過促進胃腸道肌叢副交感神經節後纖維末梢釋放乙酰膽堿，增強食管下端括約肌的張力，增強食管、胃、小腸、結腸的推進運動。對胃的主要作用是增加胃竇的收縮，改善胃竇和十二指腸的協調運動。降低幽門相收縮的頻率，使胃電活動趨於正常，從而加速胃排空。兒童劑量為每次0.2mg/kg，連用3 ~ 4天，飯前15 ~ 30 min。臨床研究發現，該藥可明顯改善消化不良癥狀，但由於心臟不良反應，其應用受到限制。
④紅黴素:雖為抗生素，但也是胃動素激動劑，可增加近端和遠端胃的收縮活動，促進胃推進蠕動，加速空腹和餐後胃排空，可用於FD患兒。
(3)胃黏膜保護劑:這類藥物主要有膠體鉍、硫糖鋁、米索前列醇、恩前列素、雙八面體蒙脫石(思密達)等。這些藥物的臨床應用主要是因為功能性消化不良的發病可能與慢性胃炎有關，患者可能存在胃黏膜屏障功能減弱的情況。
(4)5-HT3受體拮抗劑和阿片受體激動劑:這兩類藥物促進胃排空作用較弱，治療功能性消化不良患者的原則是調節內臟感覺閾值。但是沒有在兒科使用此類藥物的經驗。
(5)抗焦慮藥:國內有人用小劑量多塞平、多潘立酮聯合心理疏導治療功能性消化不良患者，發現對上腹痛、噯氣等癥狀有明顯緩解作用，明顯高於不用多塞平的患者。因此，在FD的治療中，使用藥物治療心理障礙具有壹定的臨床意義。
(2)預後
大多是仔細查找病因，取得患者的信任和配合，然後調整治療，緩解癥狀。