由於前期加盟商眾多，為了快速占領全國市場，小肥羊公司將加盟方針定為“加盟為主，直銷為主”，在全國各地設立省、市、縣級總代理和獨立加盟店。這壹政策的出臺對小肥羊公司早期的快速發展起到了積極的作用，既滿足了市場、加盟商和消費者的需求，又創造了良好的品牌效益，使得小肥羊的足跡在短短的兩三年內遍布全國，壹舉成名。
“以加盟為主，以直銷為主”的經營方針，壹開始給公司的快速發展帶來了好處，但也產生了很多弊端。重點是加盟商、服務、管理質量參差不齊，損害了消費者的利益。而且由於這壹時期“小肥羊”不是註冊商標，缺乏打假維權的有力武器，導致造假者橫行，嚴重傷害了小肥羊品牌的聲譽，制約了公司的進壹步發展。基於上述情況，從2002年底開始，公司采取了壹系列措施來扭轉加盟市場的混亂局面。核心是調整特許經營政策，由原來的“以特許經營為主，以直銷為主”轉變為“以直銷為主，規範特許經營”。具體措施是:
首先，成立加盟中心，負責與加盟商的聯系、管理和服務。加盟中心成立後，幾乎走遍了全國，對分散在各地的600多家加盟店進行了全面深入的調查，為下壹步取締和整頓加盟店提供了依據。其次，基於2003年初對加盟中心的調查，董事會決定暫停加盟業務，很長壹段時間公司幾乎沒有新的加盟店。同時，公司分階段、有重點地對加盟市場進行了壹系列的規範和整頓。2003年至2007年，公司對加盟市場進行了壹次大規模的整頓，其重點主要體現在以下幾個字上:第壹個字是“關”。就是堅決取締清查中發現的不合格店面，維護小肥羊的品牌形象不受傷害；第二個詞是“拖延”。即雖然經營狀況較差，但能積極配合公司進行整改的店面予以保留，限期整改；第三個字是“關”。壹方面，將調查中發現的壹批管理良好、盈利的門店收購，納入公司直營店規範化管理體系。另壹方面，逐步收回各級總代理的代理權，不再續約；第四個字是“他”。就是和好的加盟商、代理商以參股、控股的形式合作。現階段的典型案例是與原甘肅總代理合作，並入總部旗下的分公司，開發西部市場。
經過幾年不間斷的清理、調整和規範，小肥羊公司的連鎖店數量從高峰期的721減少到360家。其中，總代理到期後關閉不合格門店218家(河南72家、山東38家、甘肅24家、陜西39家、青海2家、東北三省43家)；36家加盟商因無法維護公司形象和聲譽被取締；有19家店鋪因非法經營被取締；因超期經營被取締的門店有40家；有21家店鋪因重大投訴被取締；因經營不善自行關店的有53家；8家門店因不可抗力關閉。從2003年到2007年4月，小肥羊加盟市場經過不懈的清理和規範，得到了有效的凈化。因此，從2007年5月開始，為了滿足市場需求和加盟商的呼聲，小肥羊公司重新規劃開設高質量的加盟店，進入“不僅要數量，更要質量”的發展階段——國內市場:壹二線城市以直營為主，二三線城市以加盟商為主，形成相互補充、相互促進的格局，不設立任何形式的總代理；國際市場:鑒於國際市場加盟呼聲較高，根據國際市場的實際情況，在開設直營店並獲得足夠經驗的基礎上，適度開設加盟店。其形式靈活，可以設立必要的總代理或個人加盟商，全面打開國際市場。
新的特許經營政策提高了對加盟商的要求，也提高了對加盟商的服務。最終目的是提高加盟店的規範化，使其高水平運營，實現消費者、加盟商、公司三方共贏。
截至2011年2月，公司擁有469家連鎖店，其中自營餐廳163家，加盟餐廳272家，在美國、加拿大、日本、香港、澳門等地擁有20多家餐廳。是國內知名的餐飲連鎖品牌。
小肥羊垂直壹體化的經營模式延展性很強，包括羊肉加工、火鍋湯料制作、餐廳運營和食品配送批發。
從“中國企業100強”、“中國企業500強”到新加坡特許經營與授權組織(FLA)頒發的“年度國際特許經營獎”、“25大模範品牌”...小肥羊用十年的努力取得了可喜的成績，樹立了中餐標準化、品牌化、國際化的典範。