小靈精
主角，日本原名的漢字是“服部貫蔵”。伊賀流的少年忍者，服部半藏的子孫。推定年齡是10歳。外表特征是嘴巴微向上翹的嘴和面頰上的螺旋形酒渦。為了修行，寄居在東京三葉家中。性格沈著冷靜，為人忠心，忍術了得，唯獨最怕青蛙。經常穿上藍色的忍者服，洗澡時，會把衣服折起來紮在頭上，但頭上裹著的頭巾即使是洗澡也不摘下來，他沒頭巾的樣子連弟弟新藏也沒有看過。口頭禪是“忍忍忍”。日本版中，對男性多以“～氏”稱呼，女性則稱為“～殿”，只有與死敵煙卷才不會這樣稱呼。
三葉健壹
慣稱：〝健壹〞，是第二男主角。戴近視眼鏡的小學生，在學習與運動的表現差勁，擅長是攝影。收留了小靈精兄弟，是二人的好朋友，常求助於小靈精的忍法。
新臧（簡稱“小新”）
日文漢字姓名應是“服部心藏”，5歲，見習中的忍者。面頰上有紅紅的圓形，身穿紅色的忍者服，下面穿著樹脂造的輕型護甲，使用竹制的手裏劍。性格上還是壹個小孩子，沒有哥哥般穩重，愛與健壹和獅子狗玩耍。必殺技是唯壹的忍法“涙Power”。
獅子丸
在新漫畫中登物的角色，伊賀流的忍者犬。日本版中常以“小靈精主人”稱呼小靈精。會說人類的話，饞嘴，可把冰箱裏的食物都食光。身形肥胖，像綿花球壹樣，頭上有十字標誌。最愛吃竹輪[1] 。武器是骨頭手裏劍，也能用四肢把身上的皮肉拉成四方形來施展忍術飛天法，得意技是“憤怒火球”（這乃向讀者公開招募創作出來的）。與甲賀忍者貓影千代對立（它常稱獅子丸為傻狗）。口頭禪是“ニョニョ(Nyo Nyo)”。
煙卷（けむまきけむぞう）
甲賀流的少年忍者，小靈精的好敵手，但忍術仍略遜小靈精壹籌。雖然通常與伊賀流的小靈精壹夥對立，但偶爾也有合作的時候。由於甲賀忍者的規定，他通常〈也是必須〉隱藏忍者的身份，以壹般小孩的形象出現，與健壹念同壹所學校，在人前扮成好孩子，實際上是愛惡作劇的壞孩子，常常捉弄健壹。獨居在東京，與甲賀忍者貓影千代為伴。穿青綠色的忍者服，不戴頭巾，紮了壹條小辮子。
影千代
新原作中出場，煙卷的忍者貓。黑色，脖子圍著紅色的絲巾，會與人類談話。愛捉弄獅子丸。忍術較獅子丸好壹點兒，得意技是電氣貓，這是用塑料板摩擦身上的毛造出靜電的攻擊。
小池老師
健壹們的老師，同樣裝扮的角色常出現在藤子的作品裏。
爸爸
三葉健太郎。健壹之父。普通的上班族，是公司的課長。略胖，興趣是高爾夫球和麻將，視小靈精為自己孩子般愛護。
媽媽
健壹之母，家庭婦女，視小靈精為自己孩子般愛護。
河合夢子(港譯：柔美)
新原作登場，品學兼優的美少女。是健壹和煙卷追求的對象，也是二人爭執之源。興趣是作和果子及料理。
小燕子
動畫原創角色，伊賀流的女忍者。推定年齡是8歲，傾慕小靈精，常到健壹家探望他並引起騷動。善於吹奏橫笛來操控別人。博士
發明家，發明了機械忍者機械丸，登場時與小靈精等敵對，被小靈精打敗後成為朋友。
機械丸
登場時與小靈精等敵對，被小靈精打敗後成為朋友。
刺次郎
有超能力的仙人掌，由博士培養，有人類的感情，遇上討厭的人時會放射身上的刺攻擊。
小靈精之父(聲：二見忠男）
服部陣藏，伊賀忍者學校的老師。