1、菜系區別：松子魚是江蘇省流行的蘇幫菜中的傳統名菜，松脆、鮮嫩。松鼠魚是廣東廣西兩省流行的粵菜，口感鮮美、色香味俱佳而著名。
2、命名原因區別：松子魚是由北方名菜“松鼠魚”改造而來，形如松子，故而命名。松鼠魚直接以動物命名，外形看起來像松鼠。