1、生物分類不同：海蚯蚓是壹種海棲無脊椎動物，屬於環節動物門、腹足綱、磯沙科，而海蜈蚣則是海洋生物的壹種，被認為是壹種軟體動物，也屬於環節動物門，但與海蚯蚓不同科。
2、外觀不同：海蚯蚓的體型比較細長，身體呈圓柱形，有許多環節組成，而海蜈蚣則呈現出壹種更粗短的身體形態，外觀看起來像蜈蚣。