清洗時，應先撕掉表皮，剝開背皮，拉掉灰骨。
然後取壹容器，多放些清水，將墨鬥魚放入其中，在水中將其頭和內臟壹起拉出來。
再在水中挖掉墨鬥魚的眼珠，使之流盡墨汁，沖洗幹凈即可。
在挖眼珠時要註意,其眼中含有大量墨汁，很容易濺出弄臟衣服，在水中操作可以避免這個問題。