荸薺蓮有毒，含有大量草藥鈣晶體和生物堿。誤食會出現嗜睡等中毒癥狀。本種為中國植物學圖譜數據庫收錄的無毒植物，毒性為塊莖、佛焰苞、穗狀花序。咀嚼小塊莖會導致舌頭和喉嚨腫脹疼痛。馬蹄蓮可以入藥，有清熱解毒的功效。治燙傷，以鮮馬蹄蓮塊莖為宜，搗碎外敷。為了預防破傷風，將馬蹄蓮塊莖搗碎並外敷在傷口處。馬蹄蓮有毒，不宜內服。