檸檬在氧氣濃度低於3%，二氧化碳濃度高於10%的條件下存放壹段時間，會對風味產生不良影響。用蜂蜜腌制的檸檬壹般可以保存1到3個月。將腌制好的冰糖檸檬放入冰箱低溫密封保存，會延長檸檬的保質期。
需要註意的是，使用蜂蜜檸檬時，要使用無水無油的工具，否則會影響檸檬的保質期，導致細菌滋生，容易變質。