苦杏仁的毒性來自苦杏仁苷和苦杏仁酶，與水接觸後產生的氫氰酸是中毒的“罪魁禍首”。這種物質可以阻斷細胞的呼吸鏈。每100g苦杏仁中所含的苦杏仁苷可以解釋為釋放100 ~ 250mg氫氰酸，60mg氫氰酸可以致人死亡。所以，如果吃未經處理的苦杏仁，風險很大。
成人壹次服用生苦杏仁40~60粒即可中毒，50~100粒可致命。