果膠酶是酶的壹種，包括半乳糖醛酸酶、果膠酶和果膠脂肪酶。果膠中的糖苷鍵使果膠分子斷裂，降解成小分子。這種持續的降解使果汁中的固體沈澱下來，增強了澄清效果，提高了過濾速度和出汁率。果膠酶在果膠的降解中起著特殊的作用。