選用優良菌株是袋料栽培獲得速生高產優質的關鍵。
黑龍江黑耳1號菌株，其菌絲生產溫度在5-32℃之間，以23-27℃為最佳，子實體在10-27℃均能生長，但以15-20℃為宜。其出耳早，開片快，朵形好，色黑肉厚有光澤，抗逆力強，質量好，產量高而穩定。
黑木耳888菌種，該菌種產量高，抗雜菌、吃雜菌，能在偏堿性培養基上生長，是目前當家品種。另外還有冀誘壹號等。