低聚果糖不僅具有壹般功能性低聚糖的理化性質，其生理特性還在於能明顯提高腸道內微生物種群的比例。低聚果糖是腸道雙歧桿菌的活化和增殖因子，能減少和抑制腸道腐敗物質的產生。
抑制有害細菌的生長，調節腸道內的平衡；能促進微量元素鐵和鈣的吸收和利用，預防骨質疏松；能減少肝臟毒素，在腸道內產生抗癌有機酸，具有顯著的抗癌作用。