生透骨草大部分植株垂直生長,最大長度為100cm。植物上沒有分枝,大部分分枝都是綠色或淺綠色的。
雲南透骨草每年6月~ 10開花。其花呈藍紫色、淡紅白色,具有壹定的觀賞價值。到8月~ 12,雲南透骨草將結果,果實可用於播種。