包括糖基化、羥基化、酰化、二硫鍵形成等。其中，糖基化最為重要，幾乎所有在內質網上合成的蛋白質最終都會被糖基化。糖基化的作用有:①使蛋白質抵抗消化酶的作用；(2)賦予蛋白質傳導信號的功能；③有些蛋白質只有糖基化後才能正確折疊。
內質網還可以參與蛋白質的合成、折疊、組裝和新肽鏈的運輸。