在第3代家督武田國信與第5代家督武田元信執政期間，若狹武田氏達到了鼎盛，成功成為戰國大名。曾擔任幕府禦相伴眾的武田國信是壹位以風雅聞名的武將，著有連歌作品《新撰犬莵玖波集》，並多次在京都舉辦了規模盛大的“犬追物”比賽。而武田元信在文筆、歌道、弓馬等各方面都有不凡造詣，被認為是室町幕府中屈指可數的文武雙全之名將；在元信時期，若狹武田的勢力大規模進入了丹後，將丹後壹部分土地並入了武田氏的領國。
大永六年（1526年）管領細川高國手下的重臣香西元盛在內亂中被細川尹賢所殺，對此不滿的波多野稙通和柳本賢治二人（香西元盛的兄弟）隨即投靠了與高國敵對的細川晴元；細川晴元與三好元長擁立足利義維於阿波舉兵意圖上洛。因內亂而無力相抗的細川高國遂遣使許以重利，邀請繼承了先代的龐大遺產而成為畿內有力大名的若狹武田氏第六代家督元光進京，以對抗細川晴元即將發動的進攻。大永六年12月26日元光起兵上洛。
大永七年2月3日細川晴元方的柳本賢治丹波勢與三好勝長率領的阿波國人眾合流向京都進發，雙方的正面對決成為不可避免；高國、元光亦開始布陣，將軍足利義晴設陣於京都本圀寺、細川高國則於東寺布陣，而設陣於吉祥寺的武田元光和守備桂川之畔的細川尹賢遂成為前鋒。2月12日，兩軍開始接觸，隔桂川對峙；高國為了夾擊柳本賢治軍，將本陣由河畔向妙本寺移動。2月13日，三好勝長、元長聯軍趁高國軍移動後正面空虛的機會強渡桂川，迅速突破了細川尹賢軍的陣式，接著又對前來阻擊的武田軍發動了突擊，兵力處於劣勢的武田軍很快不支，先鋒粟屋家長當場討死；當細川高國率軍趕來援救時，武田軍陣型已經崩潰，雖然高國軍奮力拼殺但已無濟於事。是役，高國、元光軍大敗，武田氏家中多名重臣戰死，武田軍於2月14日倉皇離京時又完全喪失了裝備輜重。隨著這場川勝寺（桂川原）合戰的失敗，若狹武田氏實力大減，而物質上與精神上都受到重創的家督元光在逃回若狹後無力繼續進行統治，很快將家督之位讓給了兒子信豐。
七代家督武田信豐在歌道方面頗似元信，而在軍政能力上卻是天壤之別。在承平歲月信豐還能借歌道留名，
但在激烈的戰國亂世，信豐所做的只是讓若狹武田氏向著衰亡再邁前壹步。由於信豐對丹後田邊城的多次攻略歸於失敗，從而導致了以家中重臣粟屋元隆為首的叛亂等壹系列內亂，若狹武田氏迅速衰弱下來。
在和越前朝倉氏長期對抗而耗盡國力後，信豐那受到朝倉氏教唆的長子義統（治部少輔、伊豆守、大膳大夫。原名信統，天文十七年娶將軍足利義晴之女為妻後改名義統）對父親的作為感到不滿，最終決定向甲斐的同門晴信學習——從父親手中奪取家督之位。武田信豐固然無能，但他既不願輕易放棄家督的地位更不願讓宿敵朝倉氏進入若狹；而信豐之弟重信亦在壹旁圖謀家督之位。弘治二年（1556年），重信在家中筆頭重臣——國吉城主粟屋越中守勝久的支持下向侄兒義統發起挑戰；至此，若狹開始了無休止的內戰。
有朝倉氏做後臺的武田義統在弟弟武田信方的幫助下很快就擊敗了重信與勝久的挑戰，但隨著義統勢力的強大使得義統與信豐的矛盾也進壹步激化。永祿元年（1558年）武田信豐與武田義統父子正式開始內戰，雖然內戰在近江六角氏的調停下以信豐隱居為條件而很快結束，但若狹武田本家對所領的支配力卻因為這兩次內戰大為下降，在武田義統繼任家督後所能實際控制的領土只限於小浜郡而已（逸見昌經控制大飯郡、武田信方控制遠敷郡、粟屋勝久控制三方郡）。
圖謀振興的武田義統在國內遭到了巨大的困難，拋開已是明顯下克上的粟屋氏與逸見氏不說，就連仍然留在身旁的親兄弟信方也已利用之前的內亂，以遠敷郡宮川為據點擴張勢力，建立了自己壹套體系以求掌握家中實權。在國內壹籌莫展的義統在不得已的情況下把希望寄托到了自己的妻弟——征夷大將軍足利義輝身上，義統從日漸枯竭的財庫中盡可能地向幕府進貢以換取支持；同樣在謀求復興的足利義輝自然很樂意擁有武田義統這樣壹位盟友，雙方因而變得非常親密。然而事與願違，義統進獻的金錢固然沒能使足利義輝復興室町幕府；而義輝發出的敕令亦未為義統帶來好處，下克上的家臣們把幕府的敕令當做廢紙，武田信方則因為兄長的居心和金錢的損失而與義統更加疏遠。義統為了振興國家而費盡心力，得到結果卻是令人失望的更加衰弱。永祿四年（1561年），若狹武田四天王（粟屋越中守勝久、逸見駿河守昌經、熊谷治部大輔直之、內藤築前守重政）之壹的砕導山城城主逸見駿河守昌經勾結丹波松永長賴發動叛亂，武田義統無力鎮壓，於是向越前朝倉氏請求援軍。朝倉義景派敦賀郡司朝倉景紀赴若狹幫助鎮壓，在武田、朝倉聯軍的攻擊下逸見昌經遭到了慘敗。內亂雖然稍微得到平息，但朝倉軍的進駐則更進壹步的削弱了武田氏對若狹的統治。永祿六年，朝倉軍單獨對粟屋勝久的國吉城展開攻略，充分體現了朝倉氏已經無視武田氏對若狹的統治。武田義統當然不滿朝倉氏對若狹的侵略行為，在雙方矛盾迅速激化的情況下朝倉義景放棄了以義統作為代理的若狹攻略計劃，改而培植武田信方和義統之子元明以求進壹步控制若狹。
永祿八年5月13代將軍足利義輝被暗殺。永祿九年8月，足利義秋（足利義昭）到達若狹小浜郡要求姐夫武田義統助其上洛。但義統正陷於與獲得朝倉氏支持的長子武田元明的家督爭奪戰之中，根本無力支持足利義秋上洛；深感失望的義秋於9月前往投靠越前朝倉氏。雖然若狹武田氏此時已十分衰弱，但其與幕府長期的友好關系及其所處地理位置仍舊使得足利義秋對其寄予了希望，是以武田義統也像上杉氏、甲斐武田氏、北條氏和織田氏壹樣收到了義秋要求援助的書狀。但義統對此有心無力，他壹方面受困於領國的內亂，另壹方面握有家中實權的武田信方也表示反對，很快義統在失意中離開了人世。義統並沒有晴信那樣的才略，卻貿然模仿晴信的做法，結果使得本已十分衰弱的若狹武田氏徹底分崩離析，義統的失意是事所必然，但他留給元明的爛攤子卻使若狹武田氏的最終滅亡成為大勢，誌大才疏的盲動所能帶來的災禍莫過於此。
義統壹死，朝倉氏立即出兵若狹（永祿十壹年），並以保護為名將家督武田元明從若狹送往壹乘谷城，在事實上結束了武田氏對若狹的統治。
隨著織田信長勢力的擴張和朝倉氏的衰亡，重獲自由的武田元明也和若狹其他武將壹樣加入了織田壹方，但重視實力的信長並不看重出身名門的元明，只給了元明3000石安堵而已。天正三年（1575年），武田元明在家老眾粟屋勝久、逸見昌經的陪伴下上京謁見信長，但並未從中獲得任何實質性的好處。在丹羽長秀統治若狹後，元明和昔日的家臣同列，壹起成為了長秀屬下。站在丹羽長秀的立場，既然已經成為了若狹的新主人，那就應該竭力避免讓已成為過去式的武田氏恢復在若狹的影響力而導致難以預測的後果，元明因此變成了長秀在領內最主要的打壓對象，壹切和立功或揚名有關的事情都隨之與元明絕緣，長秀的態度也不可避免的影響了其他家臣，武田元明因而變成了丹羽長秀手下最不活躍且日子也最難過的家臣。這種低下待遇無疑極大的傷害了元明那種出自名門的自尊心，元明為之對織田信長與丹羽長秀懷下了極深的怨恨。
天正十年（1582年）丹羽長秀受命出征四國，武田元明也再次被丟在壹旁。所以當本能寺之変發生後，對待遇不滿的武田元明馬上以立下戰功恢復舊領為目標加入明智光秀軍，參加了對近江佐和山城的攻略並於6月4日攻陷了佐和山城。但明智光秀的迅速失敗粉碎了元明的希望，6月16日，丹羽長秀率大軍奪回了佐和山城；7月19日，窮途末路的武田元明在近江海津法雲寺切腹自殺。武田元明死後埋葬於海津天神社宗正寺寶憧院，其妻松丸殿（京極龍子）後來成為秀吉的側室，若狹武田氏至此形神具滅。
末代家督武田元明的才智顯然不算高明，以其3000石領地的動員力能有兵馬幾何？以如此弱小的實力積極卷入巨大的旋渦中又能期望怎樣的好結果呢？即便光秀獲勝，等待元明的仍舊很可能是被壹腳踢開。在亂世中，放棄個人好惡當墻頭草或許是小勢力在大國狹縫中生存的最好方法，但元明的雙眼為自己顯赫的家世與胸中的怒火所蒙蔽，從而趨向了壹個過高的目標，結果為此跌得粉身碎骨。武田元明的結局雖然是自取其禍，但縱觀元明的壹生卻不由得令人產生同情，在其30年的短暫壹生中曾長期被強大的勢力所支配而不能自主，而本能寺之変的發生終於為他提供了壹次可以自行抉擇的機會。也許元明的選擇並不正確，但6月4日佐和山城的落城還是使他在歷史上留下了孫八郎源元明這壹並不顯赫的武名。
若狹武田氏在室町幕府開始衰弱之時以軍功成為守護獲得若峽壹國，又在戰國初期憑軍事實力確立了對領國的統治成長為戰國大名，之後在戰國的激烈鬥爭中被淘汰，最終在戰國亂世結束時被消滅，從某種意義上可以稱為是名副其實的戰國大名；若狹武田氏在戰國的興衰史可以視為同類大名興衰的典型。另壹方面，若狹武田氏在亂世開始之時剛剛入主若狹，在地位並不十分穩固的情況下不得不長期借助室町幕府僅存的權威來加強自身的立場，並不得不為之付出了大量金錢，從而壹直與室町幕府保持了良好的關系；在鞏固了立場的同時卻又因消耗了貧瘠的若狹國相當壹部分國力而影響對外發展；歷代家督在與室町方面交往的同時受其影響而變得過於愛好文化，這種愛好並沒有錯，但以戰國大名的身份而沈溺其中則往往導致國家的滅亡。末代家督武田元明在時代改變後沒能清醒地進行觀察與思考，錯誤的選擇了明智光秀方而導致了若狹武田氏的徹底終結。然而在多事的天正十年，若狹武田氏的最終滅亡只不過是壹件很快就被人遺忘的小事罷了。
武田元明在自刃前將這樣壹份遺書交給了家臣熊谷平右衛門，曰：“如今傳到我這壹代，武田家悉數滅亡。武田家的武運或許盡於此了。事到如今，我也只有在這裏自殺。希望讓年紀還小的源太彥次郎好好隱藏，等成長之後，把系圖交給他，千萬不要讓武田的姓氏斷絕。設若稚兒不幸而亡，那武田家的武運誠然盡焉……”元明顯然已經做好了壹門滅絕的最壞打算，但隨著京極龍子得到秀吉的寵愛，元明與龍子所生的兩個兒子也就無須隱藏了。在愛屋及烏的秀吉安排下，元明之二子成為了木下肥後守家定（北政所之兄，小早川秀秋之父）的養子，長子木下勝俊（1569—1649）領有若狹小浜6萬2千石、次子木下利房（1574—1637）領有若狹高浜3萬石；若狹武田壹脈居然又恢復了對若狹的統治，真可謂世事難料。只不過若元明泉下有知，見到自己拼上性命也未能恢復的故土竟然在自己死後因為妻子的關系而輕易在兒子手中得到恢復時究竟做何感想？
武田元明在本能寺之変後站錯了隊攻陷了佐和山城，其子卻又在關原之戰中跟隨了佐和山城的石田治部少輔三成。慶長5年（1600年）9月，作為小大名的勝俊、利房在家康進入大阪後第壹批被懲罰，被完全沒收了領地。但勝俊在關原之戰前夕已為了追求自己的理想人生而舍棄了武人的身份，以木下長嘯子之名發揚了祖傳的和歌，成為了名噪壹時的風流人物（勝俊和歌師從細川幽齋、茶道師從千利休），身後留有和歌作品《挙白集》等。而利房在大阪之戰後重新從徳川秀忠手中獲得了備中足守藩2萬5千石領地（初代是勝俊，但未到任；利房是事實上的藩祖），傳到十壹代木下利恭時因明治維新而廢藩，封子爵。
雖然若狹武田的姓氏最終斷絕了，但其血脈能夠留存下來卻是值得慶幸的。