1.臭豆腐中含有大量揮發性鹽基氮和含硫化氫。這兩種物質都是蛋白質分解後的腐敗物質，對人體有害。
2.另外，臭豆腐發酵前期是用毛黴菌種，發酵後期受其他細菌汙染，也會使人致病。肉酥梭菌的生存和繁衍。在食用前，最好是將臭豆腐在鍋內蒸半小時，以殺死肉毒梭菌。
3.臭豆腐壹次不要食用過多，以限制毒菌的攝入量，防止中毒。