大豆用脫脂大豆蛋白質含量更高，更有利於制曲和微生物酶分解。其蛋白質水解更徹底，總氮利用率高，有利於醬油鮮味的形成。當然，由於脂類物質的減少，用脫脂大豆釀造的醬油風味物質比原大豆略顯不足，但脂類的減少可以防止醬油的酸敗變質。