而四川的非常成熟的麻辣菜系，形成於清乾隆年間。
自古巴蜀地區就產花椒。在使用胡椒和辣椒之前，中國人最常使用的三大辛香調料是花椒、茱萸和姜，這三樣被稱為“三香”。巴蜀人便利用這三種調料，形成了他們最初的味覺系統。
唐朝的四川菜屬於麻甜風格。人們在對歷代菜譜進行統計後發現，在辣椒進入中國之前，全國22％的食品中都要加花椒，而在唐朝加花椒的食品比例達到37％，因此花椒在唐代使用最廣泛。
到了宋朝，辣味成為人們熱衷的美食味道，但宋朝人的辣並非來自辣椒，而是來源於姜、胡椒和芥末。其中的胡椒，原產自東南亞，大約在漢朝時期，印度的胡椒由阿拉伯商人帶入我國。後來，到了宋朝，胡椒才開始在廣州等地小範圍種植。在宋朝，我國形成了三大菜系，分別是南食、北食和川飯。除了傳統的南北之爭，還有以辛辣見長的川飯，足見川飯在當時的影響力。
而在明朝，辣椒從遙遠的美洲傳到了中國大陸。中國最早記錄辣椒的是明萬歷年間高濂的《遵生八盞?燕閑清賞箋?卷下?草花譜》。辣椒的到來深刻地影響了中國人的飲食文化，完全撼動了花椒主流調料的地位，創造出來極其動人的境界，造就了巴蜀大地的麻辣盛宴。
從美洲漂洋過海而來的辣椒，最初的登陸地區是浙江。辣椒從浙江開始向中國內陸傳播，壹路沿京杭大運河北上，到達北京。另壹路沿長江向西，傳到湖南，再從湖南向四面傳播，向南傳到兩廣，向西進入四川、雲南。
四川有關於辣椒的記錄則已經到了清朝乾隆十四年(1749年)，在這壹年的成都大邑縣縣誌中第壹次出現了辣椒：“葷菜類：秦椒，又名海椒。” 但相信四川人使用辣椒的歷史絕不始於乾隆，因為大邑縣縣誌的這次記錄，辣椒已可以作為川菜的調料使用了。而四川人對於辣椒的稱呼“海椒”，正說明了辣椒在當時川人眼中是壹種漂洋過海的外來調料。就是這種海椒，壹旦根植在巴蜀大地上，便有了世界任何地域都未曾有的生機。到了嘉慶道光年間，四川已經普遍種植辣椒，道光末年成書的《植物名實圖考》說：“辣椒處處有之。”
也在乾隆年間，川菜發展成為壹個非常成熟的菜系，四川文人李調元在《函海·醒園錄》中詳細描寫了川菜的三十八種烹調方法，這給了辣椒和花椒壹起創造出麻辣風味的機會。
而由於明末清初的戰亂，四川原住人口損失殆盡，於是就有了清政府“湖廣填四川”的舉措，它是從清康熙十年(1671年) 大規模開始到乾隆四十壹年(1776 年) 為止的堪稱歷史上規模最大的移民運動，歷時105年之久，移民人數超過100萬。所以，現代的四川文化是融合了湖，廣，陜，贛等地的民俗文化形成的，川菜也不例外。