改進壹 食品櫃置軌道艙備足食品
圍繞兩人多天任務的改進。首先，準備了足量甚至余量的航天員消耗品，包括食品、水、睡袋等。食品櫃置於軌道艙中，以前處於空置狀態。按照每人每天壹個半暖壺的用水量，通過水箱和單獨的軟包裝兩種方式準備了航天員用水。其次，提高了座艙的環境控制能力。壹人壹天呼出近壹升水，神舟六號提高了對水汽冷凝的能力，擴大了冷凝水箱，確保飛船濕度控制在80％以下。艙內的氧氣、溫度和濕度都可自動感應並調節。
改進二 首次使用大小便收集裝置
軌道艙功能使用方面的改進。放置了很多航天員生活的必需品，如食品加熱裝置和餐具等。軌道艙中掛有壹個睡袋，供兩名航天員輪流休息用。失重狀態下人其實可以浮在空中睡覺，但考慮到人在地面養成的習慣，所以通過睡袋人為地制造壹種“床”的感覺，否則航天員睡覺時可能會產生墜入萬丈深淵的錯覺。軌道艙中還有壹個專門的清潔用品櫃，航天員可以用裏面的溫巾等物品進行清潔。大小便收集裝置這次也是首次使用。
改進三 重新設計返回坐椅緩沖器
提高航天員安全性的改進。返回艙中航天員的坐椅設計了著陸緩沖功能，這是為了在反推火箭發生故障時依然能夠保證航天員安全。神舟五號飛船裏只有楊利偉乘坐的那個坐椅有著陸緩沖功能，並且有個小的缺陷，就是返回前坐椅提升後航天員難以看到舷窗外的情況。神舟六號對緩沖器進行了重新設計，並與整船結合進行了反復試驗。返回艙與軌道艙之間的艙門，如果在返回時關閉不嚴，將威脅航天員安全。俄羅斯曾經有3名航天員因此而喪生。
神舟六號科研人員研制成功了艙門密閉快速自動檢測裝置，並花費了數月時間研制出壹種專用抹布，這種布不產生纖維、靜電、異味，專門用來清潔艙門。
改進四 黑匣子存儲量擴大100倍
持續性改進。我國載人航天工程於1992年正式啟動，至今已經過去了13年，飛船上最初使用的元器件和原材料有的已經不再生產，個別技術已經稍顯落伍。比如神舟壹號到五號上的“黑匣子”，是1994年研制的，存儲容量只有10兆字節。現在的黑匣子不僅存儲量比原來大了100倍，而且數據的寫入和讀出速度也提高了10倍以上，體積卻不到原來的壹半。
由於此次飛行沒有交會對接任務，神舟六號取消了用於這項功能的附加段，另外，飛船上新增加了40余臺設備和6個軟件，使飛船的設備達到600余臺，軟件82個，元器件10萬余件。
木馬或流氓軟件清除建議：首先如果感染病毒可以使用瑞星或者江明及金山毒霸2007最新病毒庫的殺毒軟件來解決。特別是金山毒霸2007是可以試用壹個月，而瑞星也承諾免費升級兩個月。如果WINDOWS下無法清除病毒可以下載KVDOS在DOS下殺毒，該軟件還可以清除硬盤BOOT引導區病毒。如果存在木馬那麽妳可以使用木馬克星或者306安全衛士98,或者木馬清除大師等木馬清除軟件，XP均可。如果是XP妳可以使用瑞星的卡卡來檢測流氓軟件。同時我建議：用多種殺毒軟件來查殺病毒，例如使用瑞星和金山交替檢查，不建議用卡吧軟件。木馬軟件可以重復使用，兩種不同的軟件可以互補。
**(安全模式問題)：如果無法到安全模式區殺除病毒就壹定要利用KVDOS來解決問題。
病毒存在駐留內存的問題，壹般殺毒軟件可以檢查，但是由於存在內存病毒移位或者變形以及其他殺毒軟件就無法查殺，只能發現。所以就要脫離病毒的感染環境區解決問題，DOS就是壹個極好的平臺，同時安全模式也是，但是目前很多病毒就鎖定妳無法進入安全模式，所以中病毒的朋友可以根據我的方法來解決病毒。
**(病毒踢出防火墻程序問題)：壹般這樣的問題是比較嚴重的，因為病毒檢測內存駐留程序名稱，判斷為殺毒或者木馬保護墻後就回T出該程序，我目前利用的方法為進入安全模式打開殺毒軟件殺毒，然後用木馬克星殺木馬。如果妳的安全模式無法進入建議妳用KVDOS去DOS下殺毒壹些，如果DOS下殺毒不幹凈或者殺毒軟件病毒庫不是最新，建議妳將自己的硬盤掛在其他又最新殺毒病毒庫的電腦上全面查殺壹次病毒。 目前越來越多的病毒在采取這樣的辦法防止自己被找到並解決掉，但是這樣的病毒害怕安全模式，因為安全模式不調用他們可以啟動的項目來感染計算機，所以壹些病毒還采取鎖定安全模式不讓用戶進入的辦法。那麽這個時候妳就要使用國內軟件，例如金山，瑞星，KVDOS等DOS下的殺毒軟件了。