日本料理主要分為三類：本膳料理、懷石料理和會席料理。
本善料理
以傳統的文化、習慣為基礎的料理體系。在十分正式的日本宴席上將菜放在有腳的托盤上使用。
懷石料理
日本菜系中，最早最正統的烹調系統。距今已有四百五十多年的歷史。在茶道會之前給客人準備的精美菜肴。
據日本古老的傳說，“懷石”壹詞是由禪僧的“溫石”而來。那時候，修行中的禪僧必須遵行的戒律是只食用早餐和午餐，下午不必吃飯。可是年輕的僧侶耐不住饑餓和寒冷，將加熱的石頭包於碎布中稱為“溫石”，揣到懷裏，頂在胃部以耐饑寒。後來逐步發展為少吃壹點東西，起到“溫石”禦饑寒的的作用。
懷石料理也是與“茶道”壹起發展起來的。“茶道”可以說是壹種隆重的品嘗茶的儀式，也是接待貴客的方式之壹。如果在請客人喝茶時，客人腹中饑餓，不僅對身體不好，而且影響品茶。因此，在舉行茶道儀式時，在請客人品茶以前，先請客人吃點心或便飯，然後再請客人喝茶，效果好得多。這就是在茶道儀式中產生的“懷石料理”的本意。經過幾百年的演變，現在“懷石料理”作為壹個古老的方菜，其特點是在菜的烹制方法上壹直采用古代沿襲下來的程序，盡量保持原材料本身的味道。原料上以魚和蔬菜為主，每個月要有當時季節裏有代表性的魚和蔬菜，因此每個月的菜單也是不壹樣的。
會席料理
晚會上的豐盛宴席菜式。隨著日本普通市民的社會活動的發展，產生了料理店，形成了會席料理。可能是由本膳料理和懷石料理為基礎，簡化而成的。其中也包括各種鄉土料理。會席料理通常在專門做日本菜的飯館裏可以品嘗到。
其他料理
此外，還有盒裝冷餐禦節料理，通常在新年的重要節日時食用。另外還有精進料理，原本是佛教徒食用的素餐。
“和風料理”就是日本化了的西餐，鍋類和天婦羅就是這類菜點的代表。近三十年來，日本人民的生活水平有了很大的提高，再飲食方面也比以前講究，日菜也越來越高級化了。 日本菜各地方均有自己的地方風味。因此日本菜總的分為兩大方菜，即：關東料理和關西料理。其中以
關西料理
關西料理影響為大，關西料理比關東料理歷史長。 即東京菜系。日本人又習慣稱“江戶前”，即指江戶川前的東京灣，那裏的海產新鮮，可用來烹制出各種美味佳肴。受人歡迎的江戶雜煮就是有代表性的壹種關東菜。江戶時代曾是武士的天下，在菜肴上也顯示出武士的氣質，因此也稱關東菜為男性菜。
關東料理以東京料理為主。關東料理的口味濃（重），以炸天婦羅、四喜飯著稱。這是因為江戶前（即東京灣）產壹種小魚和蝦，無論是炸天婦羅或做四喜飯都特別好吃。關東料理就用當地產的這些原料來做天婦羅、四喜飯。 關西菜主要指京都、大阪有代表性的菜肴。關西料理以京都料理、大阪料理（也稱浪花料理）為主。京都由於水質特別好，加之是千年古都，寺廟多，所以萊肴呈宮廷、寺廟的特點，用蒸煮法做出來的菜很可口，如湯豆腐、蔬菜類的菜。
關西料理的特點是口味清淡，可以吃出鮮味。關西料理使用的原料好，瀨戶內海海產的味道較好.同時關西的水質也比關東好，生產出的蔬菜味道也好，所以關西料理的菜點比關東料理菜點好。