日本豐富的水源為日本種植水稻和蔬菜提供了得天獨厚的條件，這就決定了日本人的飲食習慣是以稻米、蔬菜為主。這和歐亞大陸西北部以小麥、肉類、奶制品為主的飲食習慣形成鮮明對照。
日本天然飲用水的特點是軟水，軟水裏含有的礦物質鎂和鈣的含量每升低於120微克。因為日本的水流湍急，地表巖層的礦物質滲透較少，所以沒有異味。因此，日本的湯都是清湯，不需要長時間燉煮，而是從海帶或者柴魚片取鮮味，再放上壹點蔬菜，清可見底，淡中有味，即使是平常百姓家的黃醬湯做法也相同，只是口味略重而已。
不僅是湯，傳統的日本菜大多以燉煮根莖蔬菜和烤魚為主。豐富的水資源和海洋性氣候決定日本的植被茂密，為烹飪提供了取之不盡的燃料。木材經過加工處理變成了木炭，除去水分之後體積和重量都會減少，便於運輸。木炭燃燒時間長且火焰的熱力可以控制，而且燃燒時不會煙霧繚繞，比較適合日本傳統的家居。日本傳統的農家房間裏有壹個地爐，地爐的火使用的就是木炭，而江戶的百姓家裏使用的是火盆，原理相同。近代之後出現了火爐，俗稱“七輪”，也是使用木炭或者蜂窩煤，因此使用的燃料決定日本的傳統料理不采用旺火爆炒而是文火煲煮。
另外，日本的傳統料理中缺少肉食。自7世紀的天武天皇之後，歷史上曾多次發布禁食獸肉的命令，天武天皇皈依佛教，禁殺五畜，獎勵放生。江戶時代的幕府將軍德川綱吉實行“憐恤生靈”的政策，使得民間反肉食文化達到頂峰。再有，神道的法典《延喜式》規定“死、產、血”都是“汙穢”，因此，江戶時代在民間也認為殺生食肉是壹種罪惡。因為不食肉，所以日本歷史上從來沒有大量進口香辛料，辣椒和胡椒等主要調料也沒有普及到民間。直到江戶時代才進入近世社會，普通百姓才有機會享樂，但香辛料、油、糖等始終沒有普及到普通百姓家庭的飲食之中，日本的家常菜中最常用的是醬油和黃醬之類的大豆發酵調料。日本四周環海，黑潮為日本帶來了豐富的魚類。
黑潮自菲律賓開始，穿過臺灣東部海域到達日本，與親潮相遇後匯入北太平洋洋流。黑潮寬200公裏，深達1公裏以上，如同壹條溫暖的河流，源源不斷流向日本，因此可捕捉到為數可觀的鰹魚、鲹魚、旗魚等回遊性魚類，及其他受這些魚類所吸引過來覓食的金槍魚等大型魚類。提到金槍魚，人們馬上想到的是生魚片和壽司，其實這種吃法最初在江戶時代只是在江戶流行，鰹魚和金槍魚無論是鹽腌還是加熱，味道都不好，因此直到江戶中期都屬於廉價魚。和歌山人在江戶附近的野田和銚子開作坊大量生產醬油之後，醬油才逐漸普及到民間，金槍魚配上醬油和山葵（辣根），形成了生食魚的完美組合。不過，生魚片和壽司這種吃法只是在戰後冷凍技術和物流網普及之後，才在日本全國流行，因為只有在-20℃冷凍48小時的條件下，才能殺死魚體內的寄生蟲，保證食用安全。
日本料理的特點是註重新鮮、應季的食材，品嘗清淡的味道，突出食材的原汁原味，以菜式擺放的層次搭配與陶器、瓷器、漆器的餐具和擺盤的形狀顏色的藝術性，突出營造季節的氛圍，將美學融入美食之中，其最高峰即是“懷石料理”，這種菜式是昭和初期湯木貞壹根據茶道款待客人的“壹汁三菜”發揚光大而形成的。
豐富的大米、新鮮的魚類和蔬菜等食材，配上醬油、辣根和清湯，可以在清淡的味道中體會大自然創造出的食物纖細的差別，而決定這些口味的關鍵是季風和黑潮的環流等自然條件，人只是適應這種自然環境，將口味代代相傳而已。