巴達獸在第三集中裝甲進化成天馬獸，在第三十六集與戰甲獸和體進化成古神獸，在第七集中普通進化成天使獸，在第三十四集中天使獸繼續向上進化成神聖天使獸。
麻鷹獸在第二集中用愛心裝甲進化成鐵鷹獸，在第十四集中用純真裝甲進化成忍者獸，在第二十五集中普通進化成亞古拉獸，在第三十壹集中與迪路獸和體進化成人面戰鷹獸。
穿山獸在第二集中用知識裝甲進化成鋼鉆獸，在第十六集中用誠實裝甲進化成潛鯊獸，在第三十六集中和天使獸和體進化成古神獸。
V仔獸在第壹集中用勇氣裝甲進化成烈焰獸，在第十壹集中用友誼裝甲進化成雷龍獸，在二十集中用奇跡裝甲進化成金甲龍獸，在第二十六集中與飛蟲獸和體進化成機甲龍獸，在三十九集中從機甲龍獸進化成帝皇龍甲獸，在四十三集中帝皇龍甲獸變成了作戰形態。
蟲蟲獸在三十六集中進化成飛蟲獸，在二十六集中與V仔獸EX和體進化成機甲龍獸,在三十九集中從機甲龍獸進化成帝皇龍甲獸，在四十三集中帝皇龍甲獸變成了作戰形態。
第 壹 話 勇氣的繼承者
太壹等人的冒險已經過去三年了——高石武搬到了禦臺場，今天是他上小學五年級的第壹天，他在上學途中分別遇到井上京、火田伊織、本宮大輔和八神光。太壹突然收到亞古獸發來的緊急信號，然後他進入了數碼世界。亞古獸不能進化，他們被迫躲到山洞裏，發現了壹個有勇氣徽章圖樣的東西。太壹走過去，就有三道光射出，原來分別是大輔、小京和伊織的新型暴龍機。大輔於是進入數碼世界，並輕易舉起太壹用盡力氣也拔不出的“數碼裝甲”，大輔的搭檔V仔獸也同時誕生了。V仔獸讓大輔叫“數碼裝甲升級！”使自己裝甲進化成烈焰獸，打碎了角龍獸身上的邪惡環，使其恢復本性。戰鬥結束後，太壹將自己的太陽眼鏡送給了大輔。
第 二 話 數碼世界大門打開
小京和伊織決定第二天去數碼世界。當天晚上，太壹等人商量和大家去數碼世界，但美美去了美國，阿和與阿丈都沒空。第二天，大家壹起進入了數碼世界，不久就遭到操縱著邪惡環的暴龍改造者的襲擊。大輔與V仔獸均被捉去。大家來到壹座山上的建築物裏，發現了愛心和知識的裝甲。小空和光子郎拔不起來，便引導小京和伊織去拔。裝甲成功被拿起，小京的搭檔麻鷹獸以及伊織的拍檔穿山獸誕生，分別用愛心和知識裝甲進化成鐵鷹獸和鋼鉆獸，救出了大輔並成功將被操縱的數碼暴龍們的邪惡環打碎。
第 三 話 裝甲進化
小京帶來零食，除迪路獸外的四只數碼暴龍都對其反應強烈。大家在等伊織的時候看電視，看到無論智力和體能都非常優秀的天才少年壹乘寺賢。伊織來到後，大家準備進入數碼世界。在數碼世界裏，暴龍改造者又用邪惡環控制同種數碼暴龍，讓它們打鬥以此來取樂。突然，他的黑暗暴龍機有了反應，便騎著巨龍獸去攻擊大輔他們。在戰鬥中，暴龍改造者以多打少，集中進攻不能進化的巴達獸和迪路獸的戰術占上風。於是伊織和阿武、小光去找數碼裝甲。他們找到以後，阿武和小光的暴龍機自動升級成為新型暴龍機，並拿起希望和光明的裝甲。巴達獸和迪路獸分別裝甲進化成天馬獸和尼菲迪獸，合力將所有巨龍獸的邪惡環打碎。
第七話 小光的記憶
大家破壞了壹座座黑暗塔。這天，大家來到守衛獸的地域，開始由於體力不足被迫撤退。但是壹只守衛獸在小光進入之前打爛了電視，小光被迫留在數碼世界。大輔與阿武決定返回數碼世界救小光。巴達獸在結界外進化成天使獸，但進去後又退化了。大輔很嫉妒，硬要V仔獸進化成什麽“超級天使獸”。當他們發現小光時，被邪惡環控制的安杜路獸出現。即使鐵鷹獸和鋼鉆獸增援都不敵它。後來，安杜路獸分別認出大輔帶著的太壹送的太陽眼鏡、太壹以及小光，以前的記憶使邪惡環的力量消失。大家回去後，見到光子郎後，得知新型暴龍機名叫D3暴龍機。
第十壹話 藍色閃電，雷龍獸
大家繼續前進追趕暴龍改造者，太壹讓大家要盡全力攻擊機械暴龍獸。大輔不解，太壹告訴他打架可以增進友情，他就更不解了。他們發現友情的裝甲，於是嘗試拔起來，沒有人成功。突然黃蜂獸攻擊他們，而且捉走巴達獸。暴龍改造者出現並想將邪惡螺旋環套在巴達獸身上，幸好加魯魯獸出現，救下巴達獸。眾人便向機械暴龍獸展開攻擊，只有大輔始終不敢攻擊，烈焰獸被迫退化。最後，大輔覺醒，使友情裝甲自動飛到大輔手裏。V仔獸裝甲進化成雷龍獸，與大輔並肩作戰，終於將機械暴龍獸的邪惡螺旋環打碎，亞古獸又回到了太壹身邊。
第十四話 疾風，忍者獸
光子郎正在電腦室思索小光的事，突然發現美國的數碼大門打開了，於是立即通知美美。大輔他們來到蛋蛋獸餐廳吃飯，卻沒有美金支付。老板蛋蛋獸要他們用勞力代替。阿武想起它就是三年前逼哥哥與阿丈工作的蛋蛋獸。這時美美和壹個叫米高的美國被選中的孩子來到付帳。蛋蛋獸說自己已經改邪歸正，除小京外所有人都相信它。突然金剛獸來攻擊他們，蛋蛋獸奮力擋住攻擊，彈出很遠。米高的搭檔比特獸進化成海龍獸和仙人掌獸弄掉金剛獸身上的邪惡螺旋環。突然蛋蛋獸掉下來，並攻擊大家。美美堅信它是被控制的，使小京終於忍不住說出自己原來就懷疑蛋蛋獸。此時純真裝甲突然出現，麻鷹獸裝甲進化成忍者獸，終於發現並打碎了蛋蛋獸身上的邪惡螺旋環。
第十六話 逃出海底，潛鯊獸
大家由於發現裝甲而進入海底卻被受到控制的超海龍獸而被困在海底。由於空氣有限，大家讓伊織坐緊急脫出小艇去叫阿丈來救他們。伊織碰到爺爺，因為不想說出出去的原因，爺爺就教育他不要說謊。阿丈在考試，伊織被迫說謊讓阿丈出來，自己的良心受到譴責。到了數碼世界，大家讓伊織拿起剛找到的裝甲，伊織不肯。在阿丈的鼓勵下，伊織最終拿起裝甲，讓穿山獸裝甲進化成潛鯊獸，與海獅獸壹起打碎了超海龍獸的邪惡螺旋環。伊織終於懂得了善意的謊言是對的這個道理。事情結束後，潛鯊獸帶伊織參觀了海底。
第二十話 奇跡的進化，黃金的金甲龍獸
基米拉獸到處破壞，暴龍改造者的基地就跟在後面。大輔他們利用火焰的掩護進入基地，準備破壞動力室。暴龍改造者叫基米拉獸回來攻擊大輔他們。它強大的攻擊力即使避過攻擊仍然會被氣浪彈開。很快，數碼暴龍們都退化了，而且大輔、小京、伊織的數碼暴龍都退化成了幼年期。暴龍改造者十分驚奇，命令基米拉獸停止攻擊。大家趁機去了動力室，暴龍改造者又叫基米拉獸攻擊，它卻沒有聽從而離開了。蟲蟲獸為了使壹乘寺賢恢復善良，帶大輔進入了動力室。原來動力室是由奇跡裝甲提供動力的。它的光輝不但使豆丁獸立即進化成V仔獸，而且自動落到大輔手裏，此時V仔獸裝甲進化成金甲龍獸，放出奇跡的光輝。
第二十二話 豪勇進化，XV仔獸
大輔與阿武打籃球，小光為阿武加油，而大輔卻頻頻出洋相，巴達獸則與迪路獸壹起跳舞。大家來到數碼世界開始重建數碼世界，大輔希望和小光感情更好些，而V仔獸則希望和迪路獸感情更好些，於是大輔要求V仔獸進化成成熟期。他讓鼻涕獸與紅鼻屎獸們扮成敵人，希望V仔獸能為了救他而進化，但是弄巧成拙。後來他們遇到多達獸，被它追擊。就在千鈞壹發之際，V仔獸終於進化成XV仔獸，打敗了多達獸。
第二十四話 大地裝甲，戰甲獸
伊織壹直無法原諒壹乘寺賢以前的所作所為，此時的小賢因為父母非常高興而硬吃了很多飯。晚上，壹個神秘的女子突然出現在小賢的房間裏……第二天，在數碼世界當V仔獸和巴達獸試圖進化時都失敗了，阿武懷疑是黑暗之塔的功能再次啟動。突然伊織被身上無邪惡環和邪惡螺旋環的閃電球獸襲擊，穿山獸適時進化成了戰甲獸，大家覺得非常奇怪。後來，壹只神秘的數碼暴龍出現救下伊織並幹掉了閃電球獸，原來他是由蟲蟲獸進化而來的。伊織通過這件事發現了壹些東西……
第二十五話 天空騎士，亞古拉獸
在伊織危險時拯救他的謎之數碼暴龍就是蟲蟲獸進化而成的飛蟲獸。大輔相信小賢已經改過自身，努力地要令小賢成為同伴，但是小京等同伴的反應則很冷淡。大家內心的某處都仍然不太相信小賢。就在那時，在數碼世界的美美傳來了求救信號。突然出現的高力獸正開始要破壞水壩。為了阻止高力獸，小京他們立即出動前往數碼世界。但是高力獸對小京他們零星的攻擊無所畏懼。為了守護下遊的鎮壹定要認真地攻擊……就像小賢要消滅閃電球獸那樣！不能打倒高力獸，也就不能守謢水霸，小京為此十分苦惱。小賢的到來使她終於領悟，麻鷹獸也進化成亞古拉獸，在大家合力下，終於打倒了高力獸。
第二十六話 合體進化，化敵為友
被小賢消滅的數碼暴龍原來是由神秘女人利用黑暗之塔所變成的。小賢就以前作為暴龍改造者時的行為重新向孩子們道歉，但拒絕了大輔的邀請成為同伴而獨自離去。他希望壹力承擔自己的罪孽……孩子們繼續重建數碼世界的工作，但對於逐漸明朗化的事實就不能整理好心情。但是那些追擊他們的數碼暴龍……新的危機正向數碼世界迫近。原來是暴龍改造者的基地中的黑暗力量將會發生大爆炸！為了阻止爆炸，需要知道善良徽章，大輔發E-mail叫小賢來，但是卻沒有回音。雖然伊織他們仍不能信任小賢，但大輔仍然繼續等待小賢。最後他終於趕到，然後兩個人的心互相重叠，奇跡的進化就發生了，V仔獸EX與飛蟲獸合體進化成了完全體的機甲龍獸。
第三十壹話 愛的風暴，人面戰鷹獸
黑暗戰鬥暴龍獸在尋找對手戰鬥，亞基利獸則追蹤它。大輔他們來到數碼世界，迪路獸發現那裏是她丟失神聖環的地方，於是大家便去尋找。小賢突然看到黑暗海，於是大叫。小光和小京發現了他，三人突然進入奇怪的地方。大輔與V仔獸居然能穿過他們的身體，原來他們所處世界的次元不同。小京他們來到山崖，發現類似神聖環的東西發光，小京與小光為了撿它掉了下去。麻鷹獸不能進化，使小京以為再也上不去而發脾氣。小光打了她壹耳光，使她冷靜了下來。上去後，小光和小賢又看見了黑暗海，而且亞基利獸用黑暗塔造出暴羅剎獸,它十分厲害。小光十分絕望，無法冷靜下來，小京也打了她壹耳光，並鼓勵她。兩人心意合壹，使亞古拉獸與迪路獸合體進化成人面戰鷹獸，打敗了暴羅剎獸並回到了原來的世界。
第三十四話 保護神聖之石所在地
黑暗戰鬥暴龍獸又破壞了壹塊神聖石，突然出現了壹個痛苦掙紮的身影，黑暗戰鬥暴龍獸覺得那只數碼暴龍就是它要尋找的目標。阿武非常憤怒，使伊織覺得很困惑。第二天，大輔他們先於黑暗戰鬥暴龍獸找到神聖石，但是亞基利獸和木乃伊獸卻來攻擊。天使獸被黑暗戰鬥暴龍獸打敗，突然神聖石發光，使天使獸超進化成神聖天使獸，打算用天國之門將黑暗戰鬥暴龍獸吸走。黑暗戰鬥暴龍獸用蓋亞能量炮壹擊打碎神聖石，使神聖天使獸退化，天國之門消失。那個身影又再次出現……
第三十六話 鋼之天使，古神獸
黑暗戰鬥暴龍獸仍在尋找最後壹塊神聖石，而亞基利獸和大輔他們先後來到中華街的美食店。由於飛蟲獸沒來到，而亞古拉獸和迪路獸體力又不足，所以不能進行合體進化。幸好老板蛋蛋獸逃走，亞基利獸它們想知道湯料是什麽而離開了。伊織下定決心改變自己而叫大家吃拉面補充體力。木乃伊獸發現了湯料所在的池子，在喝了以後突然神聖石從池子裏出來了。黑暗戰鬥暴龍獸和大輔他們也同時發現。在前兩對組合合體進化以後，天使獸和戰甲獸也成功合體進化成古神獸，三只完全體數碼暴龍壹起對抗黑暗戰鬥暴龍獸！
第三十九話 總動員出擊，帝皇龍甲獸
數碼暴龍再次出現在現實世界，而且在日本各地都有！大輔聽到小賢住的地方有數碼暴龍出現，便決定單獨去接小賢。三頭龍獸出現在那裏，大輔趕到後破壞黑暗塔並讓機甲龍獸去與三頭龍獸戰鬥。然而三頭龍獸非常強大，機甲龍獸被打得毫無還手之力。這時，變年輕的加來出現在眾孩子面前，並拿出青龍獸身上的壹顆數碼珠，放出神聖力量，大家都可以進化成完全體，並且機甲龍獸還進化成帝皇龍甲獸，終於將三頭龍獸打敗送回數碼世界。接著，帝皇龍甲獸又到了日本各地，在半小時內將日本的所有數碼暴龍都送回數碼世界。全世界的數碼大門都打開了，加來告訴大家只有D3暴龍機才能將大門打開，於是12個孩子將分別到6個地方，與全世界被選中的孩子壹起將數碼暴龍送回去。
第四十話 紐約香港大混戰
帝皇龍甲獸將大家送到該去的地方後，到指定的地點退化。大輔來到紐約見到美美和加來的復制人，其他被選中的孩子則將數碼暴龍帶到指定的地方。祖利獸突然發狂，花仙獸、V仔獸EX以及其他被選中孩子的數碼暴龍壹起攻擊，終於制服了祖利獸。大輔打開數碼大門，將數碼暴龍送回了數碼世界。在香港，光子郎和小光見到擁有八爪魚獸的三兄弟，準備在九龍公園將由亞洲被選中的孩子送過來的數碼暴龍送回數碼世界。但是在穿越中國國境時受到阻攔，大家想出辦法證明數碼暴龍們是有智慧的，終於安全通過。小光他們的任務也完成了。
第四十三話 究極魔獸軍團襲來
小賢睡覺時夢見自己被植入黑暗種子的情景，醒來後就埋怨自己為什麽記不起以前的事。後來，女惡魔獸、海魔獸、喪屍撒旦獸出現在現實世界，孩子們的數碼暴龍與它們苦戰。最後，所有完全體數碼暴龍被喪屍撒旦獸打倒，而帝皇龍甲獸也被封印住不能動彈。光子郎明白到亞古獸他們不適應現實世界的生活，於是它們將力量給帝皇龍甲獸後，回到了數碼世界。帝皇龍甲獸變身成為戰士形態，壹擊打倒喪屍撒旦獸。這時，究極魔獸出現，但亞基利獸卻在所有人的眼皮底下以許多被綁架的孩子作威脅，帶走了小賢……