蛇口線由南山赤灣至羅湖新秀區段站點名稱依次為：赤灣站、蛇口港站、海上世界站、水灣站、東角頭站、灣廈站、海月站、登良站、後海站、科苑站、紅樹灣站、世界之窗站、僑城北站、深康站、安托山站、僑香站、香蜜站、香梅北站、景田站、蓮花西站、福田站、市民中心站、崗廈北站、華強北站、燕南站、大劇院站、湖貝站、黃貝嶺站、新秀站，計劃東部延長線的站點：蓮塘口岸、仙湖站、蓮塘站、梧桐山站、沙頭角站、海山站、鹽田港西站、外國語站、鹽田路站。
1. 赤灣站：是2號線工程的起點站，接蛇口西車輛段。
A、B出入口：預留
C出入口：港航路
公交接駁：M371（單邊）、226（單邊）、329（單邊）、B601（單邊）、B600
2. 蛇口港站：位於蛇口客運港前、港灣大道南側。
A、B、D2：預留，接口尚未開通
C：蛇口客運碼頭
D：中集集團（CIM C）
公交接駁：113、226、328、329、332、70、77、M371、204、B601、B687、J1、K 105、K 113等。
3. 海上世界站：位於太子路上、太子廣場前，設計與10號線換乘。
AB：暫未開通
C：七天假日酒店
D：金融中心、南洋商業銀行蛇口支行
公交接駁：77、204、226、331、332、M371、B 687、K 105、K 204等
4. 水灣站：位於南水路上，水灣路西側。
A、B：預留，尚未開通。
C：公園路、招商路、蛇口新街
D：水灣路、太子路、荔園路
公交接駁：77、331、M371、B602等
5. 東角頭站：位於南水路與蛇口新街交叉口。
C：預留，尚未開通
A：蛇口菜市場、蛇口大廈、漁二村、中國海關
B：蛇口廣場、蛇口油庫、東角頭美食休閑城
D：蛇口人民醫院、蛇口影劇院、蛇口小學、蛇口中學
公交接駁：19、37、79、80、J1、B737等
6. 灣廈站：位於後海濱路上，招商東路南側。
A：澳城花園酒店、澳城花園
B：育才集團小學、弘都世紀公寓、卓越維港
C：育才三中、星海華庭
D：金色陽光雅居、後海公館、東帝海景花園
公交接駁：B802
7. 海月站：位於後海濱路與工業八路交叉口。
A：太古新城地下商業南廣場
B：太古新城地下商業北廣場
C：招商海月花園
D：天驕華庭
公交接駁：B 700、B737
8. 登良站：位於後海濱路上、登良路南側。
A：後海濱路、東濱路、後海大道
B：後海濱路
C：後海濱路、登良路、龍城路
D：後海濱路、登良路、龍城路
E：後海濱路、東濱路、北師大附中
公交接駁：B794
9. 後海站：位於後海濱路與海德二道交叉口。
A：深圳灣體育館
C：預留口，暫未開通
D1和D2：凱賓斯基酒店
E1：保利劇院、保利文化中心、海岸城
E2：連接保利文化中心物業區
公交接駁：72（單邊）、J1（單邊）、B814、121、229、B605、J1等
10. 科苑站：位於高新南十道上、科苑南路東側，車站間距為2273m，本站為地下二層島式站臺車 站，
與15號線換乘。
A：海闊天空
B：海闊天空、彩虹之岸、濱福庭園、陽光帶海濱城
C：留學生創業大廈、威新軟件科技園
D：武漢大學深圳產學研大樓
公交接駁：109、B682、B814 、M208
11. 紅樹灣站：位於白石三道上、深灣壹路東側。
A：濱海實驗小學
B：住宅小區
C：暫不開通
D：沙河公交總站
公交接駁：109、58、B 610、B 795、B795
12. 世界之窗站：位於深南大道與1號線世界之窗站交叉處，首通段終點折返站，與1號線換乘。
A：歡樂谷，益田假日廣場東門
C1：深南路北側，沙河世紀廣場
H1：深南路南側，世界之窗停車場
H2：深南路南側
I：深南路南側，世界之窗停車場
J：深南路南側，世界之窗正門
B、C2：因益田假日廣場暫時封閉
公交接駁：觀光巴士線、21、26、32、54、59、79、90、101、109、113等
13. 僑城北站：位於僑香路路中，中航沙河工業區南側。
14. 深康站：位於深康村，僑城東路西側。
15. 安托山站：位於僑香四道，與7號線換乘。
16. 僑香站：位於僑香路、農園路路口。
17. 香蜜站：位於蓮花西路、香蜜湖東側。
18. 香梅北站：位於蓮花西路，香梅北路西側。
19. 景田站：位於蓮花路，景田路東側。
20. 蓮花西站：位於新洲路，紅荔路路口。
21. 福田站：位於深南大道，民田路東側，與3號線/城際線/廣深港高鐵換乘。
22. 市民中心站：位於深南大道，金田路西側，與4號線換乘。
23. 崗廈北站：位於深南大道，彩田路東側，與16號線換乘。
24. 華強北站：位於振華路、華強北路西側。
25. 燕南站：位於振華路、上步路西側。
26. 大劇院站：位於深南大道、大劇院南側，與1號線換乘。
27. 湖貝站：位於深南大道、東門中路東側。
28. 黃貝嶺站：（與地鐵五號線換乘）位於深南大道、北鬥路路口。
29. 新秀站：位於新秀路、羅芳路口。
地鐵8號線壹期工程地鐵2號線三期規劃站點
30.蓮塘口岸站：位於羅沙路，蓮塘口岸旁。
31.仙湖站：位於國威路。
32：蓮塘站：位於國威路。
33：梧桐山站：位於羅沙路。
34：沙頭角站：位於深鹽路，臨近梧桐山隧道口。
35：海山站：位於深鹽路，壹海城旁。
36：鹽田港西站：位於鹽田港大樓附近。
37：外國語站：位於深圳外國語高中部旁，臨近鹽排高速。
38：鹽田路站：位於鹽田路與北山道交界口。