漫畫單行本1
001 FILE.1 現代的福爾摩斯 ------TV001 雲霄飛車殺人事丄件
002 FILE.2 變成小孩子的名偵探
003 FILE.3 失去聲援的名偵探
004 FILE.4 第6根煙囪
005 FILE.5 另壹個歹徒 ----------TV002 董事長千金綁架事丄件
006 FILE.6 迷糊偵探變成名偵探
007 FILE.7 沾血的青春偶像
008 FILE.8 和妳相像的人
009 FILE.9 不幸的誤會 ----------TV003 偶像密室殺人事丄件
漫畫單行本2
010 FILE.1 好賺的跟蹤
011 FILE.2 完美的不在場證明
012 FILE.3 照片說話了 ----------TV038 紅鬼村火祭殺人事丄件
013 FILE.4 行蹤不明的男人
014 FILE.5 可憐的少女
015 FILE.6 追蹤高大的男子
016 FILE.7 惡魔般的主使者 ------TV128 黑暗組織10億元搶劫事丄件
017 FILE.8 恐怖的鬼屋
018 FILE.9 消失的孩子們
019 FILE.10 地下室的噩夢 -------TV020 鬼屋殺人事丄件
漫畫單行本11
101 FILE.1 會說話的桌布 --------TV046 雪山山莊殺人事丄件
102 FILE.2 現場直播時之死
103 FILE.3 虛幻之路
104 FILE.4 臨時推理秀 ----------TV031 電視臺殺人事丄件
105 FILE.5 重要的人！？
106 FILE.6 兇器的下落
107 FILE.7 二道迷 --------------TV032 咖啡店殺人事丄件
108 FILE.8 修行室
109 FILE.9 櫻花與壁上的洞
110 FILE.10 浮在空中的力量 -----TV052 霧天狗傳說殺人事丄件
漫畫單行本12
111 FILE.1 博士的寶物箱
112 FILE.2 黑色的太陽
113 FILE.3 寶物的真實面貌 ------TV163-164 月亮、星星與太陽的秘密(前篇)(後篇)
114 FILE.4 突如其來的遭遇
115 FILE.5 炸彈的下落
116 FILE.6 柯南失算了 ----------TV054 電玩公司殺人事丄件
117 FILE.7 福爾摩斯之約
118 FILE.8 知道太多的女人
119 FILE.9 不明原因的爆炸
120 FILE.10 被識破的謊言
漫畫單行本18
171 FILE.1 應該相同
172 FILE.2 兩個房間 ------------TV102-103 古裝劇演員殺人事丄件(前篇)(後篇)
173 FILE.3 初戀情人
174 FILE.4 火災的真相
175 FILE.5 敞開心扉 ------------TV100-101 初戀情人回憶事丄件(前篇)(後篇)
176 FILE.6 轉學生
177 FILE.7 黑衣女郎
178 FILE.8 秘密組織成員·綽號雪莉
179 FILE.9 偽裝的少女
180 FILE.10 將死
漫畫單行本19
181 FILE.1 為什麽 --------------TV129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事丄件
182 FILE.2 消失的作家
183 FILE.3 1/2的頂點
184 FILE.4 法文的發音 ----------TV116-117 推理小說家失蹤事丄件(前篇)(後篇)
185 FILE.5 美食之都大阪城
186 FILE.6 第四個人的錢包
187 FILE.7 錢包疑雲
188 FILE.8 駕照的秘密 ----------TV118 浪花連續殺人事丄件
189 FILE.9 被狙擊的球！
190 FILE.10 五萬六千名人質
漫畫單行本24
232 FILE.1 現場采訪
233 FILE.2 倒計時 --------------TV156-157 本廳刑事戀愛物語2(前篇)(後篇)
234 FILE.3 還有半年……
235 FILE.4 黑暗之中
236 FILE.5 難以置信的切點
237 FILE.6 心之所向 ------------TV170-171 黑暗中的死角(前篇)(後篇)
238 FILE.7 背叛的街角
239 FILE.8 漆黑的喪葬行列
240 FILE.9 不告而別
241 FILE.10 來自過去的子彈
242 FILE.11 白色世界 -----------TV176-178 與黑暗組織的再會(灰原篇)(柯南篇)(解決篇)
漫畫單行本25
243 FILE.1 不合群？
244 FILE.2 死人不會說話
245 FILE.3 不明的暗號 ----------TV172-173 復活的死亡訊息(前篇)(後篇)
246 FILE.4 蜘蛛公館
247 FILE.5 恐怖降臨
248 FILE.6 平次的叫喊
249 FILE.7 平次的憤怒
250 FILE.8 說不出口 ------------TV166-168 鳥取蜘|蛛屋的怪物(事丄件篇)(疑惑篇)(解決篇)
251 FILE.9 負傷的偵探團
252 FILE.10 堅強的名偵探們
253 FILE.11 確信
漫畫單行本26
254 FILE.1 迷惘的心
255 FILE.2 不速之客
256 FILE.3 被遮蔽的事實
257 FILE.4 冒死復活
258 FILE.5 休息片刻
259 FILE.6 平靜的時光
260 FILE.7 懷念的地方 ----------TV188-193 危命的復活 系列
261 FILE.8 變調的音樂盒
262 FILE.9 消失的聲音
263 FILE.10 春天來吧？ ---------TV194-195 意味深長的八音盒(前篇)(後篇)
漫畫單行本29
285 FILE.1 些許的不對勁
286 FILE.2 意想不到的原因 ------TV217-218 被封印的目暮的秘密(前篇)(後篇)
287 FILE.3 看不見的恐怖
288 FILE.4 危險訊號
289 FILE.5 光天化日下的埋伏 ----TV230-231 謎壹樣的乘客(前篇)(後篇)
290 FILE.6 愛狗壹族
291 FILE.7 些許的腳印
292 FILE.8 無法消滅的證據 ------TV233-234 無法消失的證據(前篇)(後篇)
293 FILE.9 K3
294 FILE.10 最後的可能性
295 FILE.11 舉紅牌 -------------TV238-239 大阪3K事丄件(前篇)(後篇)
漫畫單行本32
318 FILE.1 的將軍的寶物
319 FILE.2 跨越時空
320 FILE.3 真相的大門
321 FILE.4 悲哀的虎之卷 --------TV263 大阪雙謎 浪花劍士和太閣之城
322 FILE.5 暌違已久的聚會
323 FILE.6 偶像們的秘密
324 FILE.7 偶像之間的誤會 ------TV249-250 偶像們的秘密(前篇)(後篇)
325 FILE.8 獅子遺落的東西
326 FILE.9 P&A
327 FILE.10 愚蠢的作戰 ---------TV258-259 來自芝加哥的男人(前篇)(後篇)
328 FILE.11 佐藤相親去了
漫畫單行本34
340 FILE.1 采收蘋果的時刻 ------TV271-272 急忙掩飾的忽略(前篇)(後篇)
341 FILE.2 反擊的線索
342 FILE.3 從天而降的鄰居
343 FILE.4 妳到底是誰？ --------TV277-278 英語教師vs西部名偵探(前篇)(後篇)
344 FILE.5 如雷貫耳的噓聲
345 FILE.6 可疑的球迷
346 FILE.7 冒牌球迷 ------------TV279-280 迷宮的足球流氓(前篇)(後篇)
347 FILE.8 雨中的似曾相識
348 FILE.9 濕毛巾的圈套
349 FILE.10 撥雲見日的記憶 -----TV284-285 中華街 雨中的似曾相識(前篇)(後篇)
350 FILE.11 金蘋果①
漫畫單行本35
351 FILE.1 金蘋果②
352 FILE.2 金蘋果③
353 FILE.3 金蘋果④
354 FILE.4 金蘋果⑤ ------------TV286-288 工藤新壹NY事丄件(事丄件篇)(推理篇)(解決篇)
355 FILE.5 鬼屋之謎①
356 FILE.6 鬼屋之謎②
357 FILE.7 鬼屋之謎③ ----------TV274-275 幽靈屋的真相(前篇)(後篇)
358 FILE.8 失蹤的光彥①
359 FILE.9 失蹤的光彥②
360 FILE.10 失蹤的光彥③ -------TV289-290 迷途森林中的光彥(前篇)(後篇)
361 FILE.11 死亡島
漫畫單行本37
373 FILE.1 ByeBye…… ---------TV304 震動的警視廳 1200萬人質
374 FILE.2 小五郎的選擇①
375 FILE.3 小五郎的選擇②
376 FILE.4 小五郎的選擇③ ------TV305-306 看不見的嫌疑犯(前篇)(後篇)
377 FILE.5 黑暗的足跡①
378 FILE.6 黑暗的足跡②
379 FILE.7 黑暗的足跡③ --------TV307-308 無聲的證言(前篇)(後篇)
380 FILE.8 白色的雪……黑暗的影子
381 FILE.9 危險的相逢
382 FILE.10 同乘者
漫畫單行本38
383 FILE.1 新式武器 ------------TV309-311 與黑暗組織的接觸(交涉篇)(追擊篇)(決死篇)
384 FILE.2 意外的寶物
385 FILE.3 步美的擔心
386 FILE.4 夕陽與樓梯 ----------TV312-313 夕陽染紅的女兒節人偶(前篇)(後篇)
387 FILE.5 不光彩的勝利者
388 FILE.6 狼人們的影子
389 FILE.7 不能成為狼人的人 ----TV316-317 玷汙的假面英雄(前篇)(後篇)
390 FILE.8 服部平次走投無路①
391 FILE.9 服部平次走投無路②
392 FILE.10 服部平次走投無路③ --TV323-324 服部平次壹籌莫展(前篇)(後篇)
漫畫單行本41
414 FILE.1 媽媽是對手？！
415 FILE.2 可疑的槍聲
416 FILE.3 暗夜男爵夫人登場！ --TV333-334 相似的公主(前篇)(後篇)
417 FILE.4 黑暗是死亡圈套之門
418 FILE.5 黑暗中的無聲殺人
419 FILE.6 黑色光之謎 ---------TV335-336 東都顯影所的秘密(前篇) (後篇)
420 FILE.7 逼近的包圍網
421 FILE.8 那裏的危機
422 FILE.9 無法逃走的目標 -----TV338-339 4臺保時捷(前篇)(後篇)
423 FILE.10 某個來訪者留下來的謎
424 FILE.11 某小小密室中留下的秘密
漫畫單行本42
425 FILE.1 被隱藏的真相 -------TV340-341 隱藏在廁所中的秘密(前篇)(後篇)
426 FILE.2 good-bye 茱蒂
427 FILE.3 小蘭的推理
428 FILE.4 無法相信的結局 -----TV343-344 便利店的陷阱(前篇)(後篇)
429 FILE.5 滿月之夜和黑色宴會陷阱
430 FILE.6 血染幽靈船
431 FILE.7 透明人現身！
432 FILE.8 工藤新壹登場？！
433 FILE.9 假面下的真實
434 FILE.10 腐爛的蘋果 --------TV345 與黑之組織直面對決 滿月之夜的雙重迷案
435 FILE.11 雨中的刻印
漫畫單行本48
491 FILE.1 暑假的暗號
492 FILE.2 躺下洗臉！
493 FILE.3 完美解讀！！ -------TV411-412 神社鳥居的驚人暗號(前篇)(後篇)
494 FILE.4 惡靈棲息的屋宇
495 FILE.5 13年前的惡夢
496 FILE.6 蘇醒的惡魔
497 FILE.7 被遺漏之處
498 FILE.8 第13年的沖擊 ------TV415-417 出現在佛滅之日的惡靈(事丄件篇)(疑惑篇)(解決篇)
499 FILE.9 惡作劇的門鈴聲
500 FILE.10 新黑衣人
漫畫單行本49
501 FILE.1 追蹤目標！
502 FILE.2 新的指令
503 FILE.3 黑衣組織 VS FBI（1）
504 FILE.4 黑衣組織 VS FBI（2） --TV425 黑色的沖擊！組織魔爪伸來的瞬間
505 FILE.5 新的老師
506 FILE.6 秘密的上學之路（1）
507 FILE.7 秘密的上學之路（2） ----TV427-428 充滿神秘的上學之路(前篇)(後篇)
508 FILE.8 無法歸來的二人
509 FILE.9 被密封的汽車
510 FILE.10 虛假的愛情 -------TV429-430 回不去的兩人(前篇)(後篇)
漫畫單行本53
544 FILE.1 紅蓮
545 FILE.2 金色
546 FILE.3 夏風
547 FILE.4 純白 -------------TV469-470 怪盜基德與四幅名畫(前篇)(後篇)
548 FILE.5 怪人二百面相
549 FILE.6 壹年級B班大作戰 --TV460 1年B班大作戰
550 FILE.7 只有壹個目擊者
551 FILE.8 釘與蛇
552 FILE.9 鐵錘的原形
553 FILE.10 不可思議的打工
漫畫單行本54
554 FILE.1 晚飯的菜單
555 FILE.2 夢中之星 ----------TV462-465 黑暗組織的影子 系列
556 FILE.3 偵探團的雪人不倒翁
557 FILE.4 滾落的軌跡
558 FILE.5 悲慘結局的雪山 ----TV466-467 堅不可摧的雪人(前篇)(後篇)
559 FILE.6 吃人的房屋
560 FILE.7 奇幻的屍體
561 FILE.8 血跡的機關
562 FILE.9 關東的高中生偵探
563 FILE.10 偵探甲子園
564 FILE.11 密室證明
漫畫單行本56
576 FILE.1 訂婚戒指！？①
577 FILE.2 訂婚戒指！？②
578 FILE.3 訂婚戒指！？③ ---TV487 本廳刑事戀愛物語8 左手無名指
579 FILE.4 鬼婆傳說殺人事丄件①
580 FILE.5 鬼婆傳說殺人事丄件②
581 FILE.6 鬼婆傳說殺人事丄件③ --TV481-482 山姥的利刃(前篇)(後篇)
582 FILE.7 關西來的線索
583 FILE.8 照片的下落
584 FILE.9 公司 --------------TV484-485 黑色照片的去向(前篇)(後篇)
585 FILE.10 錯誤的電話
586 FILE.11 血型敘述的真相
漫畫單行本57
587 FILE.1 母親的遺物
588 FILE.2 召喚死亡的單只手套
589 FILE.3 黃泉來的殺手
590 FILE.4 悲哀的手套 --------TV491-494 紅與黑的碰撞 系列 (1-4)
591 FILE.5 惡魔到來……
592 FILE.6 惡魔的西洋鏡
593 FILE.7 惡魔之淚 ----------TV488 電視臺的惡魔
594 FILE.8 逃亡者 ------------TVOP23
595 FILE.9 烏鴉之歌
596 FILE.10 第2根線
597 FILE.11 虛假的病人
漫畫單行本58
598 FILE.1 跟蹤，然後……
599 FILE.2 赤井的過去
600 FILE.3 孤註壹擲……
601 FILE.4 偽裝
602 FILE.5 最終手段
603 FILE.6 任務
604 FILE.7 姐弟
605 FILE.8 意外的嫌疑人
606 FILE.9 黑色星期五
607 FILE.10 卡邁爾的過去
608 FILE.11 魔法的咒文
漫畫單行本59
609 FILE.1 鋼楔 --------------TV495-504 紅與黑的碰撞 系列 (5-14)
610 FILE.2 音
611 FILE.3 會飛的屍體
612 FILE.4 力學和不在場證明 --TV505-506 律師妃英理的證言(前篇)(後篇)
613 FILE.5 蜈蚣
614 FILE.6 鎧甲武士
615 FILE.7 兵法
616 FILE.8 風林火山 ----------TV516 風林火山 迷宮的鎧甲武士
617 FILE.9 戰
618 FILE.10 影和雷 ----------TV517 風林火山 陰與雷光的終結
619 FILE.11 疑惑的瑛佑
漫畫單行本67
697 FILE.1 詛咒的流行
698 FILE.2 不可確定的易碎品-------575 黑色女禮服的不在場證明（前篇） 576 黑色女禮服的不在場證明 (後篇)
699 FILE.3 期待明天
700 FILE.4 危險的地方
701 FILE.8 紅色與13的暗示
702 FILE.9 炸丄彈犯的目標
703 FILE.10 暴風雪中的真相
704 FILE.11 寂靜的戰爭 --------578 召喚危機的紅色兇兆 579 黑與13的暗示 580 逼近黑色時刻 581 紅色的搖擺目標
705 FILE.5 小林老師的戀情
706 FILE.6 小林老師的誤解
707 FILE.7 櫻花少女是？
漫畫單行本73
763 FILE.1 時之亡靈
764 FILE.2 時之支配者 時間守護者的劍（TV632~633）
765 FILE.3 好吃得要死的拉面
766 FILE.4 拉面與毒藥
767 FILE.5 透過眼鏡的真相 好吃得要死的拉面（TV644~645）
768 FILE.6 截拳道
769 FILE.7 和小鬼壹樣是偵探
770 FILE.8 世良的糊塗推理 幽靈旅館的推理對決（TV646~647）
771 FILE.9 讓我聽下名推理
772 FILE.10 綽號之規則
773 FILE.11 有狙擊的可能！ 偵探事務所被困事件（爆發）（狙擊）（TV648~649）
漫畫單行本74（長春出版社標註有誤）
774 FILE.1 無法翻開的書--------------偵探事務所被困事件（解放）（TV650）
775 FILE.2視頻網站
776 FILE.3罐子與貓
777 FILE.4步美的痕跡--------------博士的視頻網站（TV656~657）
778 FILE.5到底誰才是名偵探？
779 FILE.6 小阿部
780 FILE.7 魔法料理--------------柯南VS平次 東西偵探推理對決（TV651）
781 FILE.8 EYE
782 FILE.9 年輪蛋糕
783 FILE.10 菱形和菱形
784 FILE.11 誓約的現場調查---------毒藥與幻影的設計（EYE）(S)（Poison）
TV(652~654)（至654的前半部分，即關門處）