首先，性質不同
1，南靖土樓又名福建土樓，擁有福建南靖土樓國家森林公園。南靖土樓位於南靖、華安、平和、詔安、小蕓、漳浦等縣和漳州市的山區。它以歷史悠久、數量眾多、規模宏大、造型奇特、風格獨特而聞名於世，被譽為“神話般的山嶽建築”。
2.永定土樓，又名筒子樓。位於中華人民共和國（中國）福建省西南部龍巖市永定縣，最古老的是位於雷虎鎮下寨村的福信大廈。它是福建現存最早的土樓。它建於公元769年，已有1200多年的歷史。它是福建最古老的土樓。
第二，建築特色不同
1，南京土樓是以生土為主料，摻入石灰、細沙、糯米、紅糖、竹片、木條等制作而成。，並反復揉捏、擠壓和夯實。具有合住、防盜、防震、防獸、防火、防潮、通風采光、冬暖夏涼等特點。
2.永定土樓依山而建，布局合理。它吸收了中國傳統建築規劃的“風水”理念，適應了居住和防禦的共同生活要求，並巧妙地利用了山區狹窄平坦的土地和當地的生土、木材、鵝卵石等建築材料。它是壹種獨立、經濟、堅固和防禦性的高層建築類型。
第三，景區榮譽不同
1，南靖土樓:2008年7月，福建土樓正式列入《世界遺產名錄》，2010被列為國家4A級旅遊景區，2011福建土樓南靖景區再獲殊榮，成功晉級國家5A級景區。
2.永定土樓於2008年7月成功列入《世界遺產名錄》。8月，2011，榮獲國家5A級旅遊景區稱號。2016，16 10月被評選為“全國文明旅遊先進單位”。