1、規模上
1）沈陽故宮，後經康熙、乾隆時期的改建、增建，形成了今日有宮殿亭臺樓閣齋堂等建築100余座、500余間，占地面積達6萬平方米的格局面貌。沈陽故宮象征著是滿清的皇權至上，並且是被清朝統治者視為“龍興之地”。
2）偽滿皇宮博物院總占地25.05萬平方米，建築面積13.7萬平方米。
2、省份不同
1）沈陽故宮位於遼寧省沈陽市中心，是中國僅存的兩大宮殿建築群之壹，又稱盛京皇宮，為清朝初期的皇宮。
2）偽滿皇宮博物院，位於吉林省長春市光復北路5號，前身是民國時期管理吉林、黑龍江兩省鹽務的吉黑榷運局官署。
3、建築風格不同?
1）偽滿皇宮主體建築風格各異，既有中國傳統的四合院磚木結構建築，又有歐洲哥特式樓房，還有東洋式殿閣，充分顯示出偽滿洲國的殖民地色彩和偽滿皇帝的傀儡性。
2）沈陽故宮建築風格上更添有滿、蒙的特色。在布局上，東路大政殿、十王亭建築群布局仿照八旗行軍帳殿的布局。中路的特點“宮高殿低”，居住部分位於高臺之上，俯瞰理政的正殿區域，這是源於滿族人喜居於臺崗之上的生活習慣。建築風格上，以漢族建築風格為主，兼備了蒙、藏藝術。?
4、構建時間不同
1）長春溥儀偽皇宮指的是偽滿皇宮博物院，其竣工時間為1962年12月24日，偽滿皇宮前身是民國時期管理吉林、黑龍江兩省鹽務的吉黑榷運局官署。
2）沈陽故宮 又稱後金故宮，始建於公元1625年，是清朝入關前清太祖努爾哈赤、清太宗皇太極建造的皇宮，又稱盛京皇宮。
5、作用價值不同
1）偽滿皇宮博物院主要職能是通過舉辦陳列展覽，揭露日本侵占中國東北、奴役殘害東北人民，以及偽滿洲國傀儡皇帝溥儀進行賣國求榮的罪惡行徑，對廣大人民群眾特別是青少年開展愛國主義和近現代史教育，在開展對廣大人民群眾特別是青少年的愛國主義教育方面發揮了不可替代的作用。
2）沈陽故宮博物院則展示了明清宮廷文物，集故宮院藏服飾、琺瑯器、書畫、雕刻品、漆器、瓷器等門類藏品之精粹，集中體現了中國勞動人民高超的工藝水準和清代宮廷的藝術風格，反映了中國明清時期生產工藝的水平，具有重要的觀賞價值和研究價值。