1996年11月，先鋒書店誕生於太平南路聖保羅教堂對面，面積約17平方米。
1999年7月，先鋒書店搬遷至廣州路（79）號兒童醫院旁，面積約97平方米。
2001年9月，先鋒書店搬遷至廣州路12號二樓，面積約600平方米。
2003年11月20日，先鋒書店東方商城店開業，經營面積300平方米，在新街口地鐵出口，是南京第壹家地鐵書店。
2003年4月，先鋒書店夫子廟店開業，經營面積2000平方米。
2004年9月18日，先鋒書店五臺山旗艦店開業，經營面積近3680平方米，經營品種7萬多種，並設立了1000平方米的物流配送中心。據不完全統計，開張當天的客流高達上萬人，實際銷售圖書碼洋近10萬元。這是學術書店的壹個奇跡，也是中國民營書業發展史上壹個的重大裏程碑。
2006年1月26日，先鋒書店新城市廣場龍江店開業，是先鋒書店的第壹家社區店，經營面積600平方米，品種約3萬個品種。
2013年4月21日，先鋒書店無錫惠山古鎮店正式開門揖客，占地面積近800平方米。
2013年11月6日，由先鋒書店精心打造的具有民國風情南京範的新生活書局在南京博物院正式開張。新生活書局坐落在南京博物院內，位於民國館地下二層民國街上，依托南京博物院建築、歷史和人文之特點，開創了壹家具有完全民國風情和民國味道的書店。書店整體布局以紙質化民國時期專題圖書和民國時期復古創意文化產品為特色，呈現了民國時期書業出版和發行的景況。
2014年9月11日，經過中山陵景區策劃、南京先鋒書店精心打造，先鋒書店在永豐社開張營業，成為中國唯壹以詩舍命名的書店——永豐詩舍。
2015年5月3日，南京再添新的人文地標，南京先鋒書店分店入駐頤和路。走進頤和路先鋒書店，可以看到“頂天立地”的大書架上設立了民國專題圖書區，同時書店還開設了南京作家專櫃，陳列本地作家的作品簽名本。