草鞋山文化遺址是新石器文化時期的典型遺址。將馬家浜文化和良渚文化完整地聯系起來,有助於形成太湖流域史前文化發展的序列。草鞋山文化遺址屬於區域考古中壹個完整的文化遺址序列。對蘇州草鞋山文化遺址的發掘具有重要的考古意義,這些考證材料對東南考古年代學的建立具有重要價值。
作為太湖流域新石器時代的古文化遺址,草鞋山遺址6000年前的馬家浜文化水田是我國發現的最早的有灌溉系統的古代水田。遺址出土的炭化米經鑒定為栽培稻,為研究我國稻作和栽培稻的起源提供了實物依據,是我國水田考古和研究的重要成果。