廣東科貿職業技術學院清遠校區設有7個二級學院，園林園藝學院、食品與生物工程學院、動物科技學院、經濟管理學院、人文藝術學院、信息與自動化學院、商貿與外語學院，其中，“動物科技學院”為特色院系，畜牧獸醫、園藝、茶藝、寵物醫生、物業管理專業全省高職規模排名第壹。
學校建有壹支數量適中、結構合理、德藝雙馨的高素質專兼結合的雙師型教師隊伍。學校專任教師中具有雙師素質教師占比85%，重點建設專業雙師素質教師占比95%。