1.區位不同:福州高新區位於福州市南部，是福建省高新技術產業開發區。福州新區位於福州市東北部，是福州市政府設立的國家級新區，功能定位為福州市中心城區和城市發展擴張的主要區域。
2.發展方向不同:福州高新區主要涉及信息技術、新材料、生物醫藥、高端制造等領域的產業發展。福州新區重點發展城市基礎設施和高端產業。