諸暨站最早於1931年建成，當時位於諸暨縣城北莊畈，原有的車站線路僅10股，是供蒸氣機車加煤的中間站，屬二等站。
曾經由於車站地勢低窪，石家祠堂堤決口，車站被淹，列車中斷7天，遂於1951年6月遷址當時的城關鎮西，到1987年底已是壹個有15股線路的車站，日均辦理接發客運列車30列，貨運列車50列，上下旅客5500人左右。正在營運的諸暨火車站，是1996年在原址上擴建而成的。
2006年6月16日，因浙贛鐵路進行電氣化改造，諸暨火車站也喜遷新址。