北京南站的大平地上只有壹個候車大廳，所有的檢票口都在候車大廳。進入候車大廳後，根據12306的提示尋找相應的檢票口。北京南站主體共五層，分別是:高架候車大廳、站臺軌道層、換乘大廳、地鐵4號線、地鐵14線。地上2層，地下3層，平臺位於底層。高架候車層為地上二層，中央為獨立候車室，四角為售票辦公樓。