1.不同的位置:上環碼頭是位於香港港島信德中心周圍的碼頭；港澳碼頭的全稱是港澳碼頭或港澳碼頭。它是目前香港的主要港口，主要提供香港和澳門之間的高速客運服務。它位於香港島。
2.功能不同:上環碼頭是小型露天碼頭，賣票的也是露天的；信德中心啟用後，港澳碼頭移至室內，提供往來港澳的高速客船服務。