納豆傳入日本後，根據日本當地的情況進行開發，比如日本用醬油代替豆豉，或者用醬油代替豆豉。而且隨著禪僧從中國傳到日本寺廟，納豆最早是在寺廟裏發展起來的。比如大龍寺的納豆、大德寺的納豆、壹休納豆、大夫寺的濱明納豆、烏鎮寺的灞橋納豆，都成為了當地寺廟的著名特產。
日本人喜歡吃納豆。他們主要吃鹹納豆和刷納豆。關西人喜歡前者，關東人喜歡後者。由於發酵方式不同，拉絲納豆中有壹種黏絲，是無鹽的。
1921年，澤博士培養分離出純納豆芽孢桿菌，使納豆芽孢桿菌商品化。
納豆菌適應性廣，生命力旺盛，繁殖力強，優勢種群形成快，生命周期長。其繁殖能力是普通微生物的10倍，非常容易存活。在惡劣環境下能形成孢子對胃酸、酸堿和150℃高溫產生高強度保護。當環境適宜時，孢子可被迅速激活並增殖，形成優勢菌群。經消化道排出體外後仍具有強大的生命力。所以可以起到集體化的快速“閃電戰”的作用，就像壹場蝗災和鼠災，消耗了大量的農作物和其他植物。添加納豆菌可以完全到達動物消化道，通過快速耗氧繁殖消耗大量氧氣，避免有害細菌滋生。同時可以將大量未消化的大分子有機物轉化為維生素、氨基酸、各種消化酶促生長因子等參與機體的生長和代謝。