商家在制作臭豆腐時，壹般會先將臭豆腐發酵，然後制作豆腐胚，最後將豆腐胚浸泡在發酵好的臭豆腐中。臭豆腐之所以發臭，主要是因為它含有壹種叫做“有氣味的氨基酸”的物質，會散發出難聞的氣味，從而導致臭豆腐發臭。
臭豆腐的本質其實是豆制品，只是它的發酵和制作過程比我們買的豆腐復雜很多。做臭豆腐，首先要把黃豆做成豆腐胚，然後給豆腐胚接種黴菌，在特定的環境下自然發酵，最後形成臭豆腐，也是臭豆腐的壹種，叫發酵臭豆腐。
還有壹種非發酵臭豆腐，其典型代表就是大家天天買的長沙臭豆腐。這種做法是把豆腐的臭味分離出來，壹邊是發酵的臭鹵汁，壹邊是做豆腐胚。豆腐胚在準備好的鹵汁中浸泡瀝幹後，就成了臭豆腐的生胚。所以臭豆腐的口感、風味、外觀都受鹵汁的影響。由於制作鹵汁的方法和材料不同，不同地區的臭豆腐也有所不同。
生活中常見的谷氨酸、甘氨酸、丙氨酸等多種氨基酸稱為“呈味氨基酸”，不同的氨基酸有不同的氣味。比如谷氨酸中基本加入鈉鹽，就會形成谷氨酸鹽，谷氨酸鹽是調味品的主要成分。而氨基酸屬於壹種營養，對人體健康有幫助。
其實無論臭豆腐怎麽變，它們都有壹種成分是相同的，那就是風味氨基酸，這是直接影響鹵豆腐風味和口感的核心成分。調味氨基酸其實是氨基酸的壹種，但它的使用可以使食物呈現出壹種特殊的氣味。
另外，商家也不可能只批發壹點點臭豆腐。為了降低購買成本，他們通常會大量購買。但是，臭豆腐在儲存過程中，可能會出現食品安全問題，如感染細菌、變質等。長期食用感染的臭豆腐會增加患癌風險。
其次，超市的瓶裝豆腐乳不能經常吃。為了讓瓶裝食品保存時間更長，味道更鮮美，添加了食品添加劑來延長豆腐乳的保存時間。所以吃臭豆腐並沒有大家想象的那麽可怕，不會對身體造成傷害，也不致癌，不含任何大便成分。