酵母基本屬於兼性厭氧生物。所謂兼性厭氧生物，是指能夠在有氧環境下生存，在有氧環境下進行有氧呼吸，在無氧環境下進行發酵。發酵不是酵母獨享的，乳酸菌和醋酸菌都進行不同的發酵化學反應。
在沒有氧氣的情況下，酵母將進行厭氧發酵，其中葡萄糖通過糖酵解轉化為CO2和乙醇，並產生能量(ATP)。
c6h 12o 6→2 C2 H5 oh+2 CO2+2 ATP
酵母在有氧條件下可以迅速萌發繁殖，葡萄糖被酵母通過有氧呼吸代謝(糖酵解→三羧酸循環)生成CO2和H2O。
c6h 12o 6+6 O2→6 CO2+6H2O+30(32)ATP
因此，壹般認為好氧發酵和厭氧發酵的優缺點比較如下:
厭氧發酵的優勢:
可以產生酒精(乙醇)，酒精會被其他有機酸轉化成酯類，酯類是面包風味的重要來源。所以面團無氧發酵面包風味會更好。
有氧發酵的優勢:
它能有效地產生氣體。壹個葡萄糖的好氧發酵可以產生六個CO2，遠遠多於只能產生兩個CO2的厭氧發酵。所以可以產生大量的氣體，增加面包的體積。但由於有氧發酵時沒有酒精產生，風味會有所欠缺，會損失很多風味，也就是說毛孔大不壹定好吃的原因就在這裏。
看到這裏，妳以為把面團翻過來，讓面團接觸新鮮空氣，就能促進有氧發酵嗎？如果面團盡可能隔絕空氣，會促進厭氧發酵？但是事情並沒有想象的那麽簡單。
酵母只要有葡萄糖，即使在有氧的情況下，也會走這條酒精發酵的道路，直到葡萄糖用完！
所以酵母的好氧發酵和厭氧發酵並不是簡單的好氧和厭氧環境的區別。在葡萄糖的存在下，酵母必須先進行厭氧發酵(酒精發酵)。當酵母耗盡葡萄糖並利用其他糖或氨基酸時，有氧發酵是可能的。壹般來說，面粉或酵母都有酶，可以將麥芽糖或蔗糖分解成葡萄糖，提供酵母營養。
看似簡單的酵母發酵，背後其實有著深遠的原理和學問。