當時黑龍江將軍的管轄範圍和現在的黑龍江省不太壹樣，範圍非常巨大，橫跨黑龍江兩岸。當時黑龍江將軍駐地在現在的齊齊哈爾，位於黑龍江將軍轄區的南緣。東北地廣人稀，氣候寒冷。黑龍江將軍轄區雖然很大，但是人不多，大部分地方很難發展。因此，條件較好的齊齊哈爾成為為數不多的重鎮。齊齊哈爾地處南方，緊鄰松花江，航運便利，土地肥沃，條件優越。今天的哈爾濱當時不屬於黑龍江將軍管轄，而是屬於吉林將軍管轄。但是吉林有吉林市，根本看不上哈爾濱，所以當地壹直沒有發展起來。
直到清朝末年，清朝國力衰弱，沙俄趁火打劫，在清朝奪取了黑龍江以北、烏蘇裏江以東的大片土地。黑龍江、吉林兩將軍轄區銳減，大規模內退。因為黑龍江將軍的轄區被砍掉太多，清朝也劃撥了很多給黑龍江將軍的轄區。這樣的事情讓清朝意識到了空邊防的危險，於是在東北解禁，正式在東北建省。黑龍江將軍的轄區正式成為黑龍江省，以齊齊哈爾為省會。清朝滅亡後，黑龍江省的首府仍在齊齊哈爾。但清末入侵俄國期間，修建了著名的中東鐵路，作為水陸交通樞紐的哈爾濱發展迅速。
近代以來，東北的劃分是多變的，黑龍江所轄的具體區域也是變化的。因為這種變化，齊齊哈爾變得越來越邊緣化，哈爾濱從吉林進入黑龍江的地界後，迅速成為黑龍江的南部中心城市。總的來說，哈爾濱各方面都越來越好。後來，今天的黑龍江被分為龍江和松江兩個省。龍江的省會在齊齊哈爾，松江的省會在哈爾濱。建國後改制，有黑龍江和松江兩個省。哈爾濱因為發展程度非常高，已經超過齊齊哈爾，壹度成為直轄市。
但後來因為國內直轄市太多，不方便管理，浪費資源，所以大規模取消。同時，松江省的建制也被撤銷，並入黑龍江省。整合後，決定將省會由齊齊哈爾改為哈爾濱。從歷史條件來說，齊齊哈爾確實比哈爾濱長得多，但在近代，哈爾濱憑借中東鐵路和優越的地理位置，迅速超越齊齊哈爾，後來居上。而且哈爾濱能成為黑龍江的省會，也是東北區劃頻繁變動的結果。將省會從齊齊哈爾遷到哈爾濱，首先是因為哈爾濱的發展水平和條件更好，其次是因為哈爾濱的區位優勢更明顯。比起被戰火摧毀的齊齊哈爾，這座城市自然更適合做省會。