健胃助消化
猴頭菇（Hericium erinaceus）對消化不良、胃潰瘍、十二指腸潰瘍及慢性胃炎、慢性萎縮性胃炎有較好的治療效果，對胃癌、食道癌也有壹定療效。羊肚菌（Morchella esculenta）有健胃補脾、助消化、理氣化痰等功效，用以治療脾胃虛弱、消化不良、痰多氣短等疾病。毛頭鬼傘（Coprinus comatus）子實體有助消化和治療痔瘡之功能。
止咳平喘
冬蟲夏草有明顯的擴張支氣管作用，並可明顯增強腎上腺素擴張支氣管平滑肌作用，但對組胺引起的氣管平滑肌收縮無對抗作用。據日本報道，靈芝有抗過敏作用，對過敏性哮喘有療效。金耳（Tremella aurantialba）能化痰、止咳、定喘、調氣、平肝陽，民間用於治療老年人咳嗽、氣管炎。銀耳糖漿治療慢性氣管炎的有效率在85%左右，顯效以上占47%，並具有壹定的鎮咳、祛痰、平喘作用。
利膽保肝
發光假蜜環菌又稱亮菌（Armillariella tabescens），用於治病是中國首創，它含假蜜環菌甲素（ArmillarisinA）系香豆素類化合物，是治療膽道感染的壹種有效成分。假蜜環菌對於治療膽囊炎、急性或慢性肝炎和遷延性慢性肝炎有壹定的效果。雲芝、樹舌和雙孢蘑菇都具有保肝功能。變綠紅菇（Russula virescens）有明目、瀉肝火、散內熱等功效。冬蟲夏草對四氯化碳導致的大鼠肝纖維化有防治作用。
降血糖
靈芝和茯苓都具有降血糖作用。Hikino和Tomod等發現，從靈芝子實體中提取的多糖B和多糖C及壹些靈芝雜多糖均有降血糖作用。銀耳多糖和銀耳孢子對小鼠四氧嘧啶糖尿病有明顯的預防作用。對正常小鼠和四氧嘧啶高血糖小鼠、猴頭多糖亦有壹定的降血作用。
二、食用菌的其它作用靈芝、紫芝、蜜環菌、冬蟲夏草和猴頭菌等均具有鎮靜作用，可治神經衰弱。黑木耳有益氣補血、止血、止痛、活血等功效。毛木耳有益氣強身、活血、止血和止痛之功效。由於木耳、銀耳具有凝血、止血、補血、活血的功能，所以也是治療婦科疾病的良藥。金針菇每百克氨基酸總量達20.9g，其中人體必需的8種氨基酸總量的44.5%，特別是精氨酸、賴氨酸的含量高於其它食用菌的含量。因此，金針菇能促進兒童的身體健康和智力發育，日本稱金針菇為“增智菇”。靈芝能滋補強壯、扶正固本。《本草綱目》記載“久服，輕身不老延年”。長裙竹蓀（Dictyophora indusiata）和短裙竹蓀（Dictyophora duplicata）的煮沸液可防佳肴變質，若與肉***煮，也能防腐。濃香乳菇（Lactarius camphoratus）與食物***煮或研成粉拌入食物可防止食物變餿。在歐洲其粉末用作食品風味添加劑。