第壹，基因從原生物轉移到宿主生物的安全性對經濟產品有影響；
其次，轉入基因的結構穩定性必須保證這些遺傳生物達到了表達良性性狀所需的最小遺傳片段，否則不穩定的DNA結構會影響性狀的表達，並可能產生不想要的性狀或有毒產物；
第三，基因插入受體基因組的位置。如果將遺傳物質插入受體細胞調控其他基因表達的基因區域，可能會引起多效性效應，即在表達所需產物的同時產生其他基因產物，因此基因插入受體基因的位置要準確；
第四，載體的選擇和具有抗生素抗性的選擇標記基因的使用是否會對人產生影響。這些遺傳問題最終會涉及到食物營養、毒理學、致病性等諸多方面。
轉基因食品的營養變化可能是營養成分的變化和不利營養因子的產生；在毒理學上，除了傳統的毒理學安全性問題之外，還要考慮新的情況是否是由於添加了毒素或者產生了新的有毒物質。由於轉基因技術使用抗生素標記基因，它可能會使人類或動物對致病菌產生抵抗力。此外，引起受體過敏也是轉基因食品安全性考慮的關鍵問題。
由於目前研究者采用的實驗方法不同，結果往往也不壹樣。轉基因植物對環境和人類的影響需要長期的科學研究才能明確。此外，載體的其他成分也可能存在安全性問題，如35S啟動子和T-DNA邊界序列的安全性。我們知道啟動子是基因表達所必需的，它決定了外源基因表達的空間、時間和強度。最常用的啟動子是35S啟動子，它可以在植物組織中高水平表達，因此35S啟動子已經被引入到許多轉基因植物中。由於35S啟動子在植物基因工程中的廣泛應用，人們也非常關心該啟動子是否存在潛在風險。康明斯等列出了35S啟動子的潛在風險如下:
①如果將35S啟動子插入原本整合到植物基因組中的隱性病毒基因組旁，可能開始激活並表達病毒；
②如果將啟動子插入編碼毒素蛋白的基因的上遊，毒素的合成可能會增強。
；③轉基因植物被動物或人食用後，35S啟動子可能通過水平基因轉移被插入壹致癌基因的上遊，被激活而導致癌變。但是在過去幾年的研究中，很多實驗室都沒有發現35S是流動的，人們日常生活中吃的很多菜花都被感染了，這比吃轉基因植物風險大得多。T-DNA邊界序列是基因轉移所必需的，插入是隨機的，T-DNA邊界序列也可能整合到植物中。研究中發現了具有正確邊界序列的轉基因植物，但到目前為止，尚不清楚35S啟動子和邊界序列在植物中是否存在安全問題。