古代聖堂騎士和刺客部落的爭鬥壹直延續至今，Desmond Miles作為刺客後代壹員被Abstergo公司綁架後逼迫其回憶祖先的記憶（此公司由聖堂騎士的後代組成，為達目的卻不擇手段；他們試圖通過控制人類的意識和殺掉那些不被他們能力影響的人，讓世界得到和平。Abstergo在拉丁文裏解作"凈化"。），公司的目的是找到壹種叫伊甸園碎片的神器，並試圖查出其它幾個碎片的位置，這種神器有很多個，記憶中Altair的師父Mualim在遊戲壹開始得到的那個東西就是其中之壹，這種神器的力量是給人幻覺（精神控制，統治世界的關鍵手段），公司的原計劃是試用利用主角來找尋和取得那些遠古神物。然後它們發射到太空中，在低軌道上運行並替所有人洗腦。但Altair和Desmond Miles作為刺客部族有壹種特殊的能力，就是看穿壹切幻覺和謊言，所以整個遊戲Mualim在控制Altair的時候困難重重，Altair也幾次在任務中質疑任務本身，最終Altair自己悟出（不是完全自己悟出，有壹些人的幫助）真相，遊戲終章和Mualim決鬥，Mualim再次試圖用神器控制Altair，結果還是沒有鷹之視野強大，最終失敗。
那遊戲中為何Mualim要讓Altair去殺九個跟第三次十字軍東征有關的人物？原因也很簡單，實際上耶路撒冷地下神殿裏的神器是由十個人發現的（從最後壹個獵物Robert口中得知）， 師父是其中的壹個，把其他九個殺了自己獨吞豈不快哉？於是決定利用自己手下最強的刺客Altair，借口阻止邪惡的東征（這些人的確跟東征有關，同時他們也不是好人），實際是想滅口，但忽視了Altair刺客本能的強大是其如意算盤落空的原因。在遊戲的最後Desmond由於壹種叫The Bleeding Effect的奇怪理論，力量覺醒，有了鷹之視野的技能，看到整個實驗室都是自己的刺客同胞被捉起來虐待，死前留下的血書，很多都是聖經裏的東西。（轉來的，不給加分也沒關系，能幫到妳就好）