1.營養缺乏。限制碳水化合物可以減少壹些不健康食物的攝入，比如精制糖類食物。但這壹要求也會導致壹些營養豐富的水果、蔬菜、谷類攝入不足，因此長期來看可能存在微量營養素缺乏的風險，如硒、鎂、磷和維生素B、c等。
除了維生素和礦物質，生酮飲食還會導致膳食纖維減少，從而引起壹些消化問題(如便秘或腹瀉)，膽固醇含量增加，甚至高血壓。
2.放松可能會導致體重增加。酮癥很容易消失。當妳稍微放松壹下飲食，比如吃壹點藍莓，妳的身體就會回到從碳水化合物而不是脂肪中獲取能量。
因此，當恢復碳水化合物飲食時，人的體重很快就會反彈。而且生酮飲食在減肥的時候也可能導致部分肌肉的流失，但是體重反彈的時候，收獲的都是脂肪。此外，體重的反復波動可能會導致身體失調。
3.影響肝臟健康。大量脂肪的代謝可能會增加肝臟的負擔，如果有肝病，會加重病情。
4.思維模糊，情緒波動。大腦需要來自健康碳水化合物來源的糖來維持其功能。低碳水化合物飲食可能會導致大腦混亂和易怒。
5.患心臟病的風險。生酮飲食含有大量飽和脂肪酸。哈佛大學附屬Brigham and Women's Hospital營養部主任、註冊營養師凱西·麥克馬納斯(Kathy McManus)認為，飽和脂肪酸的日攝入量不應超過每日熱量的7%，否則會增加患心臟病的風險。
同時，生酮飲食與“壞”低密度脂蛋白膽固醇增加有關，而低密度脂蛋白膽固醇與心臟病有關。
此外，最近發表在《柳葉刀》子期刊上的壹篇文章認為，腸道疾病患者不應嘗試生酮飲食，因為生酮飲食可能會加重腸道疾病患者營養缺乏的風險。而且生酮飲食對腸道菌群有負面影響，也沒有研究評估是否可以通過補充益生菌/益生元來抵消。
此外，不建議患有以下疾病或健康問題的人使用生酮飲食:胰腺疾病、肝臟問題、甲狀腺問題、飲食障礙或有飲食障礙、膽囊疾病或膽囊切除術史的人。
事實上，許多營養學家不建議采用這種飲食模式，因為沒有足夠的證據表明這種飲食模式對健康的長期影響。因此，在妳計劃嘗試生酮飲食之前，壹定要得到醫生和營養學家的建議和幫助，而不是盲目跟風。