在酸奶中，乳酸菌種傳統上是必須的，包括保加利亞乳桿菌和嗜熱鏈球菌。乳酸菌可通過在體內發酵牛奶中的乳糖、蛋白質和脂肪，產生乳酸、氨基酸和短鏈脂肪酸，降低腸道的pH值，酸性環境可促進腸道蠕動的刺激；此外，乳酸菌還能維持腸道菌群的生態平衡，形成生物屏障，抑制有害菌對腸道的入侵，防止腸道不良事件的發生，可促進排便，預防便秘。對此，已有多項研究證實。
此外，還有很多含有雙歧桿菌的酸奶，雙歧桿菌也能在腸道內生長繁殖，從而刺激腸道蠕動。同時，腸道內產生的乳酸、醋酸等有機酸的代謝產物，不僅對腸壁的神經有良好的刺激作用，能有效促進腸道蠕動，還能增加腸道內的滲透壓，促使水分分泌到腸腔內，從而起到潤腸通便的作用。
所以在賣酸奶的時候，我們會關註活菌數。在適當的範圍內，酸奶中乳酸菌、雙歧桿菌等益生菌越多，對人體越有益，當然更有利於通便。
而“滅菌酸奶”又叫“常溫酸奶”。與活菌酸奶相比，它經過益生菌發酵，然後再次熱處理，殺死了酸奶中的活益生菌，所以可以在常溫下銷售和儲存。從營養學的角度來說，低溫酸奶和常溫酸奶最大的區別在於是否含有“活益生菌”，其他營養成分沒有區別。
所以，如果喝酸奶是為了獲取益生菌的好處，建議選擇低溫含活菌的酸奶。如果不需要活菌，即使沒有乳酸菌，酸奶中仍然存在蛋白質、鈣和維生素，所以對於那些因各種條件無法冷藏的朋友(如學生或出國旅遊的人)，常溫酸奶是個不錯的選擇。
對於排便來說，壹定與活菌有關，因為活菌可以在腸道內進壹步發酵產生酸性物質，促進腸道蠕動和排便；但如果沒有活菌，上述滅菌酸奶中只有乳酸也能通過酸性刺激促進腸道蠕動，但沒有活菌的刺激作用強。畢竟乳酸被消化吸收後，不會有援軍，活菌可以種在腸道裏繼續工作。