曾國藩本人也是“亂世重典”。在處理所謂秀才林明光土匪案時，他知道林明光與太平天國的淵源並不深(林明光早前救下的江湖人後來加入了太平軍，江湖人在林明光沒有接財產的時候留下了個人信物讓林明光報恩。畫面只是林明光或林家可以帶著信物來找他幫忙報恩。類似匪案的曾國藩，基本都是從嚴從重處理，為自己贏得了“曾剃頭”的綽號。
但其下屬鮑超軍紀極差，在鎮壓太平軍的戰爭中嚴重擾民，所經之處百姓被搶走家禽家畜也屬正常。有個鄉紳寫了壹首詩“將軍誌大，不殺長發平發”，道出了百姓的大委屈。曾國藩平時為了讓下屬幹活，對這種事情視而不見。
項勇、淮軍等臨時義務兵軍紀惡化的原因，既有這類部隊軍餉由地方提高，基本難以足額供給，也有曾國藩這樣的總司令縱容。
另壹件讓曾國藩廣受國人詬病，也讓曾國藩本人深受委屈的事，就是“天津教案”。這個案件的原因是中國人對列強殖民教會的怨恨。具體矛盾是教會辦的托兒所孩子死得很重和法國駐天津領事馮大爺在劉傑理論過程中開槍打傷了知府的遠房侄子劉奇。民憤之下，先殺了馮大爺和他的秘書西蒙，後殺了10修女、2名神父、另外2名法國領事館工作人員、2名法國僑民、3名俄羅斯僑民和30多名中國信徒，並焚燒了天主教堂、仁愛教堂、教堂旁邊的法國領事館，以及當地英美傳教士開辦的另外4所基督教堂。1870年6月24日，外國軍艦來到天津，七國大臣到總理衙門抗議，法國為首。
清朝派直隸總督曾國藩前往調查，與法方交涉。當時朝廷大部分官員都認為不應該向他屈服，局勢緊張。考慮到當時的形勢，曾國藩不願意與法國開戰。他先向英、美、俄提出賠償，以便最終能單獨與法國談判。
同治九年(1870)，曾國藩於六月初十赴天津，隨即發布《豫天津進士》，多方指責天津人民。後來經過他的調查，證實托兒所沒有發生誘拐和傷害兒童的情況，所以應法方要求，決定最後處決18人(、崔、馮瘸子等。)第壹批殺的是誰，行刑日期10，19)，放逐25人，罷免天津知府張光藻、知府劉傑。但法國因為後來的普法戰爭，無暇顧及東方事務，接受了這個條件。
曾國藩也因此案被指責為漢奸。被判刑被處罰的人，在當時普遍被視為民族英雄。
但曾國藩感到外國列強入侵，中國軍備落後於人，在對外戰爭中總是失利，積極推動和倡導洋務運動。