轉基因食品有很多優點:可以提高農作物單位面積產量；可以降低生產成本；轉基因技術可以增強作物抵抗害蟲和病毒的能力；提高農產品耐貯藏性，延長保質期，滿足人民生活水平日益提高的需求；可以大大縮短作物發育的時間；可以擺脫季節和氣候的影響，四季低價供應；打破物種界限，不斷培育新物種，生產有益於人類健康的食品。
轉基因食品也有弊端:所謂的增產是在沒有環境影響的情況下獲得的，如果遇到雨雪等自然災害，可能會減產更多。許多研究表明，轉基因食品對哺乳動物的免疫功能有害。更有研究表明，實驗倉鼠吃了轉基因食物後，到第三代就會滅絕。
轉基因食品的五大隱患——遠超鴉片的危害。首先是毒性問題。壹些研究人員認為，人工提取和添加基因不僅可能達到某些預期效果，還可能增加和積累食物中的微量毒素。
其次，過敏反應的問題。對壹種食物過敏的人有時會對壹種他們以前不過敏的食物過敏。比如科學家在核桃、小麥、貝類的基因中加入了玉米的某種基因，蛋白質也隨基因壹起加入。那麽，以前吃玉米的人，可能對這些核桃、小麥、貝類過敏。
第三是營養。科學家認為，外源基因會以人們尚不知道的方式破壞食物中的營養成分。
第四是對抗生素的耐藥性。當科學家將壹個外來基因添加到植物或細菌中時，這個基因將與其他基因相連。人們服用這種改良食品後，食品會將耐藥基因傳遞給人體內的致病菌，使人體產生耐藥性。
第五是對環境的威脅。許多轉基因品種含有從芽孢桿菌中提取的細菌基因，這種基因會產生壹種對昆蟲和害蟲有毒的蛋白質。在壹項實驗室研究中，壹只蝴蝶的幼蟲在食用了含有芽孢桿菌基因的乳草屬植物的花粉後死亡或發育異常，這引起了生態學家的另壹種擔憂。其他不在改良範圍內的物種可能成為改良物種的犧牲品。