外觀性狀的差異主要表現在根皮的顏色上。黃芪的外表為淡褐色或淺褐色，而紅芪的外表為灰紅褐色。再者，出身不同。黃芪主產於內蒙古、山西、甘肅、河北，巖黃芪主產於甘肅。因為這些差異，中國人民藥典(參考2010版)將其作為黃芪和巖黃芪兩種藥材收錄。
然而，它們在臨床應用中可以同等使用。《中國藥典》記載的黃芪功效和主治與紅芪完全相同，都具有補氣升陽、固表止汗、利水消腫、生津養血、行滯止痹、托毒排膿、斂瘡生肌的功效。可用於治療氣虛乏力、不思飲食、大便溏泄、中氣不舒、泄瀉不止、脫肛不止、崩漏便血、表虛自汗、氣虛水腫、內熱消渴、血虛萎黃、半身不遂、關節疼痛麻木、癰腫潰爛、慢性潰瘍。
歷史上，紅芪也曾作為黃芪的另壹商品規格。但由於巖黃芪的產地有限，產量相對稀少，所以價格比黃芪貴，用途也不如黃芪普遍。在中國、臺灣省、香港、澳門和東南亞部分地區仍有藥用巖黃芪的習慣，被認為是黃芪的優良品種。