原因如下：
1，大豆油99%以上的遺傳成分已經分解成化學分子，沒有壹個具有任何遺傳功能。大豆油經過深加工、壓榨、蒸餾等反復過程，幾乎不含完整的基因片段，也就是說，全部變成了化學分子，沒有基因結構。即使是轉基因，被轉移的基因成分也在無形中被無限分解消化，所以即使轉基因本身有風險，但被做成油，風險轉化成很少。
2.目前市場上的轉基因大豆都是從國外進口的。不僅通過了國內的安全評估，還通過了最保守的歐盟轉基因生物安全評估中心的評估。獲準上市近十年，未見明顯毒性作用。按照規定，合法的轉基因食品經過農業部轉基因安全評價中心5-6個步驟的評價，包括“田間試驗”、“動物食品安全實驗”、“生物安全評價”等壹系列安全風險步驟。
3.但是，由於轉基因本身的發展只有十幾年的時間，對於長期效應，比如對生態的影響，或者轉基因引起的谷物本身其他形狀的慢性變化，目前還沒有長期的觀察數據。因此，它有其不確定性。目前國內爭議最大的轉基因食品本身存在兩個問題:對轉基因食品的知情權，消費者不知道自己購買的產品是否含有轉基因食品；二是很多轉基因作物沒有經過科學的安全審批和評估就大量進入市場。但是情況最嚴重的是大米和木瓜，大豆比較少。